dks(dks)
dks()所属R语言包:dks
Frequentist and Bayesian diagnostic tests for multiple testing p-values.
frequentist和多重检验的p值的贝叶斯诊断测试。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function accepts a matrix of simulated null p-values where each column corresponds to the p-values from a single simulated study. The null p-values should represent a subset of all the simulated p-values corresponding to the tests with no signal.
这个函数接受一个矩阵的模拟空P-值,每一列对应的p值从一个单一的模拟研究。空的p值应该代表所有相应的模拟p值没有信号测试的一个子集。
用法----------Usage----------
dks(P,alpha=c(0.1,10),beta=c(0.1,10),plot=TRUE,eps=1e-10)
参数----------Arguments----------
参数:P
An m0 x B matrix of null p-values, each column corresponds to the p-values from a single simulated study.
一个M0 x B的空矩阵p-值,每一列对应的p值从一个单一的模拟研究。
参数:alpha
The range of the first parameter for the prior on the beta distribution.
的第一个参数为之前的beta分布范围。
参数:beta
The range of the second parameter for the prior on the beta distribution.
第二个参数为beta分布事先的范围。
参数:plot
Should diagnostic plots be displayed.
应诊断图显示。
参数:eps
Maximum integration error when computing the posterior distribution.
最大的集成计算后验分布时的错误。
Details
详情----------Details----------
The dks function performs the Bayesian and Frequentist diagnostic tests outlined in Leek and Storey (2009). The result of the function is a double Kolmogorov-Smirnov p-value as well as posterior probability of uniformity estimates for each of the studies. The p-values should be simulated from a realistic distribution and only the null p-values should be passed to the dks function.
DKS功能执行韭菜和层高(2009)中概述贝叶斯和Frequentist的的诊断测试。函数的结果是柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫双P-值以及每项研究的均匀性估计后验概率。 P-值应该是模拟从一个现实的分布,只有空的p值应通过DKS功能。
值----------Value----------
参数:dkspvalue
The double Kolmogorov-Smirnov p-value.
柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫双p值。
参数:postprob
A B-vector of the posterior probability that each study's null p-values are uniform.
B-向量的后验概率,每个研究的空p值是统一的。
作者(S)----------Author(s)----------
Jeffrey T. Leek <a href="mailto:jleek@jhsph.edu">jleek@jhsph.edu</a>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
pprob.uniform, dks.pvalue, pprob.dist,cred.set
pprob.uniform,dks.pvalue,pprob.dist,cred.set
举例----------Examples----------
## Load data[#将数据]
data(dksdata)
## Perform the diagnostic tests with plots[#图执行诊断测试]
dks1 <- dks(P)
dks1$dkspvalue
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