R语言 DiffBind包 dba.plotPCA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dba.plotPCA(DiffBind)
dba.plotPCA()所属R语言包：DiffBind

                                         PCA plot
                                         PCA的图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Principal Component Analysis plot
主成分分析图


用法----------Usage----------


dba.plotPCA(DBA, attributes, minval, maxval,
            contrast, method=DBA$config$AnalysisMethod,
            th=.1, bUsePval=FALSE, report,
            mask, sites, cor=FALSE,
            b3D=FALSE, vColors, dotSize, ...)



参数----------Arguments----------

参数：DBA
DBA object.  
DBA的对象。


参数：attributes
attribute or vector of attributes to use to color plotted points. Each unique combination of attribute values will be assigned a color. Chosen from:   
属性或属性使用颜色的矢量绘制点。每个属性值的独特的组合将被分配一个颜色。选自：

DBA_GROUP  
DBA_GROUP

DBA_ID  
DBA_ID

DBA_TISSUE  
DBA_TISSUE

DBA_FACTOR  
DBA_FACTOR

DBA_CONDITION  
DBA_CONDITION

DBA_REPLICATE  
DBA_REPLICATE

DBA_CONSENSUS  
DBA_CONSENSUS

DBA_CALLER  
DBA_CALLER

DBA_CONTROL  
DBA_CONTROL

Note that DBA_GROUP is a special attribute which will result in samples from each group in a contrast being colored separately.  
请注意，DBA_GROUP是一个特殊的属性，这将导致从各组样品中分别是彩色的对比。


参数：minval
Set all scores less than this to minval  
设置所有低于此分数MINVAL


参数：maxval
Set all scores greater than this to maxval  
设置MAXVAL所有的分数比这更大


参数：contrast
number of contrast to use for PCA; if present, plots a PCA based on a differential binding affinity analysis (see dba.analyze). See dba.show(DBA, bContrast=T) to get contrast numbers. If missing, uses scores in the main binding matrix.  
使用PCA的对比，如果目前，图基于差分亲和力分析（见dba.analyze）上的PCA。看到dba.show（DBA的，bContrast = T）对比数字。如果缺少的，使用的主要结合矩阵的分数。


参数：method
method used for analysis (used in conjunction with contrast):   
用于分析（对比结合使用）的方法：

DBA_EDGER  
DBA_EDGER

DBA_DESEQ  
DBA_DESEQ

DBA_EDGER_BLOCK  
DBA_EDGER_BLOCK


参数：th
significance threshold; all sites with FDR (or p-values, see bUsePval) less than or equal to this value will be included in the PCA, subject to maxVal. Used in conjunction with contrast.  
看到意义的阈值;与FDR的所有网站（或p值，bUsePval）小于或等于这个值将包含在PCA，受MAXVAL。对比结合使用。


参数：bUsePval
if TRUE, uses p-value instead of FDR for thresholding. Used in conjunction with contrast.  
如果为TRUE，FDR使用p值，而不是为阈值。对比结合使用。


参数：report
report (obtained from dba.report) specifying the data to be used . If this is present, the method, th, and bUsePval parameters are ignored.  
报告（从dba.report获得），指定要使用的数据。如果这是目前，法，日，和bUsePval参数将被忽略。


参数：mask
mask indicating a subset of peaksets to use when using global binding matrix (contrast is missing). See dba.mask.  
请掩盖表示子集来使用时，使用全球约束力的矩阵（对比度丢失）的peaksets。看到dba.mask。


参数：sites
logical vector indicating which sites to include in PCA. Only relevant when using global binding matrix (contrast is missing).  
逻辑向量，说明该网站包括在PCA。使用时只有相关的全球约束力的矩阵（对比度丢失）。


参数：cor
a logical value indicating whether the calculation should use the correlation matrix or the covariance matrix. Passed into princomp.  
一个逻辑值，该值指示是否计算应使用相关矩阵或协方差矩阵。传递到princomp。


参数：b3D
logical indicating that three principal components should be plotted (requires package{rgl}). If FALSE, the first two principal components are plotted.  
逻辑表明，三个主要组成部分，应绘制（要求包{RGL}）。如果为FALSE，前两个主成分绘制。


参数：vColors
vector of custom colors; is absent, default colors will be used.  
自定义颜色的向量;缺席，将使用默认的颜色。


参数：dotSize
size of dots to plot; is absent, a default  will be calculated.  
积点的大小;是缺席的，默认值将被计算。


参数：...
arguments passed to plot or plot3d (rgl).  
参数传递给小区或plot3d（RGL）。


Details

详情----------Details----------

MODE: PCA plot using significantly differentially bound sites:
模式：使用PCA的图显著差异必然的网站：

dba.plotPCA(DBA, attributes, minval, maxval, contrast, method, th, bUsePval, b3D=F, vColors, dotSize, ...)
dba.plotPCA（DBA的属性，MINVAL，MAXVAL，相比之下，法，日，bUsePval，B3D = F vColors，dotSize，...）

MODE: PCA plot using global binding matrix:
模式：使用全球约束力的矩阵PCA的图：

dba.plotPCA(DBA, attributes, minval, maxval, mask, sites, b3D=F, vColors, dotSize, ...)
dba.plotPCA（DBA的属性，MINVAL，MAXVAL，面膜，网站，B3D = F vColors，dotSize，...）


值----------Value----------

matrix with color legend
与传奇的色彩矩阵


注意----------Note----------

uses rgl package for 3D plots (if available)
RGL包使用三维图（如果可用）


作者（S）----------Author(s)----------



Rory Stark




举例----------Examples----------


data(tamoxifen_peaks)

# peakcaller scores PCA[peakcaller分数PCA的]
dba.plotPCA(tamoxifen)

# raw count correlation PCA[原始计数的相关性主成分分析]
data(tamoxifen_analysis)
dba.plotPCA(tamoxifen)

#PCA based on normalized data for all sites[基于PCA上的所有站点的规范化的数据]
dba.plotPCA(tamoxifen,contrast=1,th=1)

#PCA based on DB sites only[仅基于PCA在DB网站]
par(mfrow=c(1,2))
dba.plotPCA(tamoxifen,contrast=1)
dba.plotPCA(tamoxifen,contrast=1,attributes=DBA_TISSUE)


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