R语言 DiffBind包 dba.plotMA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dba.plotMA(DiffBind)
dba.plotMA()所属R语言包：DiffBind

                                         Generate MA and scatter plots of differential binding analysis results
                                         产生的约束力差的分析结果MA和散点图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates MA and scatter plots of differential binding analysis results.
产生约束力差分析结果MA和散点图。


用法----------Usage----------


dba.plotMA(DBA, contrast=1, method=DBA$config$AnalysisMethod,
           th=.1, bUsePval=FALSE,
           bNormalized=TRUE, factor="", bXY=FALSE, dotSize=.33, ...)



参数----------Arguments----------

参数：DBA
DBA object, on which dba.analyze should have been successfully run.  
DBA的对象，其中dba.analyze应该已经成功运行。


参数：contrast
number of contrast to report on. See dba.show(DBA, bContrast=T) to get contrast numbers.  
数量对比报告。看到dba.show（DBA的，bContrast = T）对比数字。


参数：method
method or vector of methods to plot results for:   
法或向量积的结果“的方法：

DBA_EDGER  
DBA_EDGER

DBA_DESEQ  
DBA_DESEQ

DBA_EDGER_BLOCK  
DBA_EDGER_BLOCK


参数：th
significance threshold; all sites with FDR (or p-values, see bUsePval) less than or equal to this value will be colored red in the plot  
意义阈值与FDR的所有网站（或p值，见bUsePval）小于或等于这个值将是红色图


参数：bUsePval
logical indicating whether to use FDR (FALSE) or p-value (TRUE) for thresholding.  
逻辑指示是否使用阈值FDR（FALSE）或P-值（true）。


参数：bNormalized
logical indicating whether to plot normalized data using normalization factors computed by differential analysis method (TRUE) or raw read counts (FALSE).  
逻辑表示是否使用差的分析方法（TRUE）或原料读计数（FALSE），计算标准化因素的规范化的数据绘制。


参数：factor
string to be prepended to plot main title; e.g. factor name.  
字符串前面绘制的主标题，例如因子名称。


参数：bXY
logical indicating whether to draw MA plot (FALSE) or XY scatter plot (TRUE).  
逻辑指示是否画主图（FALSE）或XY散点图（TRUE），。


参数：dotSize
size of points on plot (cex).  
积点（CEX）的大小。


参数：...
passed to plot.  
传递绘图。


作者（S）----------Author(s)----------



Rory Stark




举例----------Examples----------


data(tamoxifen_analysis)

# default MA plot[默认情况下，主图]
dba.plotMA(tamoxifen)

#XY plots (with raw and normalized data)[XY坐标图（原材料和规范化的数据）]
par(mfrow=c(1,2))
dba.plotMA(tamoxifen,bXY=TRUE,bNormalized=FALSE)
dba.plotMA(tamoxifen,bXY=TRUE,bNormalized=TRUE)

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