R语言 DFP包 DFP-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DFP-package(DFP)
DFP-package()所属R语言包：DFP

                                        DFP Package Overview
                                         DFP包装概述

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This package provides a supervised technique able to identify differentially expressed genes,         based on the construction of Fuzzy Patterns (FPs).  The Fuzzy Patterns are built by means of applying 3 Membership Functions to discretized gene expression values.
这个软件包提供了一个监督的技术，能够识别差异表达的基因，基于模糊模式（FPS）的建设。模糊模式建立3个隶属函数应用到离散的基因表达值的手段。


Details

详情----------Details----------

The main functionality of the package is provided by the discriminantFuzzyPattern  function, which works in a 4-step process:
discriminantFuzzyPattern功能，这4个步骤的过程中提供的包的主要功能是：

Calculates the Membership Functions. These functions are used in the next step to discretize gene expression data.
计算隶属函数。这些函数用于在下一步离散基因表达数据。

Discretizes the gene expression data (float values) into "Low", "Medium" or "High" labels.
离散成“低”的基因表达数据（浮点值），“中等”或“高”的标签。

Calculates a Fuzzy Pattern for each category. To do this, a given percentage of the samples belonging to a category must have the same label ("Low", "Medium" or "High").
计算出每个类别的模糊模式识别。要做到这一点，必须有一定比例的属于一个类别的样本相同的标签（低，中或高）。

Calculates the Discriminant Fuzzy Pattern (DFP) that includes those genes present in two or more FPs with different assigned labels.
计算的模糊判别模式（DFP），包括那些存在于两个或两个以上的不同分配标签心室肌基因。

Additional data classes: ExpressionSet, AnnotatedDataFrame.
额外的数据类：ExpressionSet，AnnotatedDataFrame。


作者（S）----------Author(s)----------



Rodrigo Alvarez-Gonzalez<br>
Daniel Glez-Pena<br>
Fernando Diaz<br>
Florentino Fdez-Riverola<br>
Maintainer: Rodrigo Alvarez-Gonzalez &lt;<a href="mailto:rodrigo.djv@uvigo.es">rodrigo.djv@uvigo.es</a>&gt;




参考文献----------References----------

Patterns for Gene Selection and Data Reduction on Microarray Data. 7th International Conference on Intelligent Data Engineering and Automated Learning: IDEAL 2006, (2006) pp. 1095-1102

举例----------Examples----------


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############ Get sample data ############[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃获取样本数据＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
#########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
library(DFP)
data(rmadataset)

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# Filter the most representative genes  #[筛选最具代表性的基因＃]
#########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
res <- discriminantFuzzyPattern(rmadataset)

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###### Different result displays ########[结果显示＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
#########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
plotMembershipFunctions(rmadataset, res$membership.functions, featureNames(rmadataset)[1:2])
showDiscreteValues(res$discrete.values, featureNames(rmadataset)[1:10], c("healthy", "AML-inv"))
showFuzzyPatterns(res$fuzzy.patterns, "healthy")[21:50]
plotDiscriminantFuzzyPattern(res$discriminant.fuzzy.pattern)

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注：
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