R语言 DEXSeq包 read.HTSeqCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.HTSeqCounts(DEXSeq)
read.HTSeqCounts()所属R语言包：DEXSeq

                                        Read counts output from HTSeq script.
                                         读计数HTSeq脚本的输出。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reads the output files from the HTSeq python scripts dexseq_prepare_annotation.py and dexseq_count.py  and gives back an ExonCountSet object.
此功能读取，从HTSeq python脚本dexseq_prepare_annotation.py和dexseq_count.py输出文件和，还给ExonCountSet对象。


用法----------Usage----------


read.HTSeqCounts(countfiles, design, flattenedfile=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：countfiles
A string vector containing the output files with the paths from dexseq_count.py.  
一个字符串向量包含与从dexseq_count.py路径的输出文件。


参数：design
A vector of factors with information corresponding to each of the countfiles or  a data frame design (each column with a factor and each row with its respective  sample. If strings are given, they will be converted to factors.  
一个因素，相应的countfiles或数据框设计（每一个因素，每一个都有其各自的样本行列。如果字符串，它们将被转换因素与信息的向量。


参数：flattenedfile
An flattened annotation gtf file generated by dexseq_prepare_annotation.py.  It is necessary for the visualization of the data but not required to test  for alternative exon usage.  
一个扁平的注解GTF dexseq_prepare_annotation.py产生的文件。这是必要的数据可视化，但不是必需的测试使用替代外显子。


值----------Value----------

An ExonCount object.
一个ExonCount的对象。


举例----------Examples----------


library(DEXSeq)
inDir = system.file("extdata", package="pasilla", mustWork=TRUE)
annotationfile = file.path(inDir, "Dmel.BDGP5.25.62.DEXSeq.chr.gff")
samples = data.frame(
   condition = c(rep("treated", 3), rep("untreated", 4)),
   replicate = c(1:3, 1:4),
   row.names = dir(system.file("extdata", package="pasilla", mustWork=TRUE),
       pattern="fb.txt"),
   stringsAsFactors = TRUE,
   check.names = FALSE
)

annotationfile = file.path(inDir, "Dmel.BDGP5.25.62.DEXSeq.chr.gff")

## Not run: [＃无法运行：]
   ecs = read.HTSeqCounts(countfiles = file.path(inDir, rownames(samples)),
      design = samples,
      flattenedfile = annotationfile)
      
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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