R语言 DEXSeq包 makeCompleteDEUAnalysis()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeCompleteDEUAnalysis(DEXSeq)
makeCompleteDEUAnalysis()所属R语言包：DEXSeq

                                        Complete differential exon usage analysis
                                         完整的差外显子的使用分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs a complete differential exon usage analysis, calling all the necessary functions and giving back an ExonCountSet object  with p values and p adjusted values.
这个函数执行一个完整的差外显子的使用分析，呼吁所有必要的功能和回馈ExonCountSetp值和p调整值的对象。


用法----------Usage----------


makeCompleteDEUAnalysis(ecs,
        formulaDispersion=count ~ sample + condition*exon,
        minCount=10, maxExon=50, formula0=NULL, formula1=NULL,
        FDR=0.1, fitExpToVar="condition", nCores=1, path=NULL,
        color=NULL, color.samples=NULL, quiet=FALSE, file="")



参数----------Arguments----------

参数：ecs
An ExonCountSet object.  
一个ExonCountSet的对象。


参数：formulaDispersion
Formula used in the glm to calculate the dispersion values.   The factors on the formula must be present in the design  columns of the ExonCountSet object.  
在GLM中使用的公式计算的色散值。公式的因素，必须在设计列的ExonCountSet对象。


参数：minCount
Minimum number of counts on an exon for it to be considered in the tests.  This significantly increases the speed of the dispersion  estimations and testing for differential exon usage.  This is supported by the fact that small count exons are less likely of being called significant, so it should not affect the results.  
它被认为在测试中的外显子的罪名的最低数量。这显着增加的色散估计的速度差外显子的使用测试。这是支持的事实，小计数外显子是不太可能被称为显著，所以它应该不会影响结果。


参数：maxExon
Genes with more exons than this value will be discarded from  the analysis. This is a speed issue. Currently, time of dispersion  estimations and testing for differential exon usage increases with number of exons.  
从分析中，有超过此值外显子的基因将被丢弃。这是一个速度问题。目前，分散的估计和测试差外显子的使用时间与外显子数目增加。


参数：formula0
Formula for the NULL model to fit a the glm.  The factors must be  present in the design columns of the ExonCountSet object. As it is  tested for each of the exons, a factor exonID can be added to the  formula, so that it will iterate over the exons of the gene fitting  the glm for each of them. If it is left in NULL, the default formula is  "count~sample+exon+condition" for the NULL model.  
公式为NULL的模式，以适应一个GLM。的因素，必须在设计列的ExonCountSet对象。 ，因为它是为每个外显子的测试，因素exonID可以添加公式，这样它会遍历基因拟合GLM为他们每个人的外显子。如果它留在NULL，默认公式是“~样本数+外显子+条件”为NULL模型。


参数：formula1
Same as formula0, but for the test model.  If it is left in NULL, the  default formula will be "count~sample+exon+condition*I(exon==exonID)".   If added a factor "exonID", it will iterate over each of the exons of  the geneID, e.g. If a geneID contains exons E01, E02, E03,...,EN,  and the function is left in the default formula, the function will fit N glms, the  last part of the formula will change in the iterations as follows:  I(exon==E01), I(exon==E02), I(exon==E03),...,I(exon==EN).  
作为formula0相同，但为测试模型。如果它被留在空，默认的公式将是“计数~样品+外显子的条件*我（外显子== exonID）”。如果添加因素“exonID”，它会遍历每个外显子的geneID，例如如果geneID包含外显子的E01，E02，E03，...，EN，和功能留在默认的公式，该函数将适合列印glms的最后一部分，该公式将改变如下迭代：我（外显子== E01的），我（外显子== E02，），我（外显子== E03）的，......，我（外显子== EN）。


参数：FDR
A false discovery rate used to indicate the significant exons.  
假发现率用于表明显著外显子。


参数：fitExpToVar
A variable contained in the design annotation of the ExonCountSet,  the expression values will be fitted to this variable using the formula count~fitExpToVar*exon using a model frame obtained from the function modelFrameForGene.   
设计ExonCountSet注释中的一个变量，表达式的值将被安装使用公式计数~fitExpToVar *外显子使用模式帧功能modelFrameForGene获得这个变量。


参数：nCores
Number of cores to be used to estimate the dispersions.   multicore package must be loaded in order to split the job  in several cores.  
被用来估计分散的内核数量。多核包必须装入以分割在几个核心的工作。


参数：path
A path in the system where to write the report from  DEXSeqHTML. If NULL, no report will be created.  
一个系统从DEXSeqHTML写的报告路径。如果为NULL，没有报告将被创建。


参数：color
A vector of colors for each of the levels from the factor in the design of  the ExonCountSet object indicated by "fitExpToVar". If path is NULL, this parameter will be ignored.  
一个颜色每个从设计的ExonCountSet对象的因素水平向量表示“fitExpToVar”的。如果路径是NULL，这个参数将被忽略。


参数：color.samples
A vector of colors for each of the samples. If NULL, the colors of each  sample will be asigned according to its corresponding level from "fitExpToVar".  This option is useful to visualize complex experimental designs. If path is NULL, this parameter will be ignored.  
每个样品的颜色向量。如果为NULL，每个样品的颜色将根据其相应“fitExpToVar”水平asigned。此选项是很有用的可视化复杂的实验设计。如果路径是NULL，这个参数将被忽略。


参数：quiet
If TRUE, no progress report is shown.  In case the session is  not an interactive session and progress report is wanted, include a file name in the parameter "file".  
如果是TRUE，没有取得任何进展报告所示。在情况的会议不是一个交互式会话和被通缉的进度报告，包括在“文件”参数的文件名。


参数：file
A file name to write the progress reports. If file="", output will be written in the standart output connection.   
一个文件名，写进度报告。如果文件“，输出将被写入非标准输出连接。


值----------Value----------

An object of class ExonCountSet.
对象类ExonCountSet。


举例----------Examples----------


data("pasillaExons", package="pasilla")
formuladispersion <- count ~ sample + ( exon + type ) * condition
formula0 <- count ~ sample + type * exon + condition
formula1 <- count ~ sample + type * exon + condition * I(exon == exonID)
pasillaExons <- makeCompleteDEUAnalysis(pasillaExons,
   formulaDispersion=formuladispersion,
   formula0=formula0,
   formula1=formula1)

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