nbinomTest(DESeq)
nbinomTest()所属R语言包:DESeq
Test for differences between the base means for two conditions
试验碱基之间的差异意味着两个条件
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function tests for differences between the base means of two conditions (i.e., for differential expression in the case of RNA-Seq).
此功能的测试碱基之间的差异,意味着两个条件(即差表达在RNA序列的情况下)。
用法----------Usage----------
nbinomTest(cds, condA, condB, pvals_only = FALSE, eps=NULL )
参数----------Arguments----------
参数:cds
a CountDataSet with size factors and raw variance functions
与规模因素和原材料方差函数CountDataSet
参数:condA
one of the conditions in 'cds'
在“光盘”的条件之一
参数:condB
another one of the conditions in 'cds'
另一个在“光盘”的条件
参数:pvals_only
return only a vector of (unadjusted) p values instead of the data frame described below.
只返回以下(未经调整)P值,而不是数据框的矢量描述。
参数:eps
This argument is no longer used. Do not use it.
这种说法已不再使用。不要使用它。
Details
详情----------Details----------
See nbinomTestForMatrices for more technical informations
看到nbinomTestForMatrices更多的技术信息
值----------Value----------
A data frame with the following columns:
与下面的列的数据框:
参数:id
The ID of the observable, taken from the row names of the counts slots.
观察到的ID,从计数槽行名称。
参数:baseMean
The base mean (i.e., mean of the counts divided by the size factors) for the counts for both conditions
碱基平均(即,由大小因素分为计数的意思),这两个条件的计数
参数:baseMeanA
The base mean (i.e., mean of the counts divided by the size factors) for the counts for condition A
碱基条件A计数的平均值(即,由大小因素分为计数的意思)
参数:baseMeanB
The base mean for condition B
条件B的基础是什么意思
参数:foldChange
The ratio meanB/meanA
比meanB / meanA
参数:log2FoldChange
The log2 of the fold change
倍的log2
参数:pval
The p value for rejecting the null hypothesis 'meanA==meanB'
P值拒绝零假设“meanA == meanB”
参数:padj
The adjusted p values (adjusted with 'p.adjust( pval, method="BH")')
调整后的P值(与调整“p.adjust(pval的方法=”波黑“)”)
作者(S)----------Author(s)----------
Simon Anders, sanders@fs.tum.de
举例----------Examples----------
cds <- makeExampleCountDataSet()
cds <- estimateSizeFactors( cds )
cds <- estimateDispersions( cds )
head( nbinomTest( cds, "A", "B" ) )
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