R语言 DEGseq包 DEGexp2()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR · 发表于 2012-2-25 16:26:13

DEGexp2(DEGseq)
DEGexp2()所属R语言包：DEGseq

 DEGexp2: Identifying Differentially Expressed Genes from gene expression data
 DEGexp2：识别差异表达的基因表达数据的基因

 译者：生物统计家园网机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is another (old) version of DEGexp. It takes the gene expression files as input instead of gene expression matrixs.
此功能是另一个DEGexp（旧）版本。它采用基因表达的基因表达矩阵的输入，而不是文件。

用法----------Usage----------

DEGexp2(geneExpFile1, geneCol1=1, expCol1=2, depth1=rep(0, length(expCol1)), groupLabel1="group1",
 geneExpFile2, geneCol2=1, expCol2=2, depth2=rep(0, length(expCol2)), groupLabel2="group2",
 header=TRUE, sep="", method=c("LRT", "CTR", "FET", "MARS", "MATR", "FC"),
 pValue=1e-3, zScore=4, qValue=1e-3, foldChange=4,
 thresholdKind=1, outputDir="none", normalMethod=c("none", "loess", "median"),
 replicate1="none", geneColR1=1, expColR1=2, depthR1=rep(0, length(expColR1)), replicateLabel1="replicate1",
 replicate2="none", geneColR2=1, expColR2=2, depthR2=rep(0, length(expColR2)), replicateLabel2="replicate2", rawCount=TRUE)

参数----------Arguments----------

参数：geneExpFile1
file containing gene expression values for replicates of sample1 (or replicate1 when method="CTR").
含有基因的表达值的文件复制SAMPLE1（或replicate1时method="CTR"）。

参数：geneCol1
gene id column in geneExpFile1.
基因在geneExpFile1 ID列。

参数：expCol1
expression value columns in geneExpFile1 for replicates of sample1 (numeric vector). Note: Each column corresponds to a replicate of sample1.
表达式的值列在geneExpFile1复制的SAMPLE1（数字向量）。参考注：每列对应一个SAMPLE1复制。

参数：depth1
the total number of reads uniquely mapped to genome for each replicate of sample1 (numeric vector), default: take the total number of reads mapped to all annotated genes as the depth for each replicate.
总数读取唯一映射到基因组的每个SAMPLE1（数字向量），参考默认的复制：读取映射到深度为每个复制的所有注释基因总数。

参数：groupLabel1
label of group1 on the plots.
图group1的标签。

参数：geneExpFile2
file containing gene expression values for replicates of sample2 (or replicate2 when method="CTR").
文件包含的基因表达值复制的sample2（或replicate2时method="CTR"）。

参数：geneCol2
gene id column in geneExpFile2.
基因在geneExpFile2 ID列。

参数：expCol2
expression value columns in geneExpFile2 for replicates of sample2 (numeric vector). Note: Each column corresponds to a replicate of sample2.
在geneExpFile2表达式的值列复制的sample2（数字向量）。参考注：每列对应一个复制的sample2。

参数：depth2
the total number of reads uniquely mapped to genome for each replicate of sample2 (numeric vector), default: take the total number of reads mapped to all annotated genes as the depth for each replicate.
总数读取唯一映射到基因组的sample2（数字向量），参考默认为每个复制：读取映射到深度为每个复制的所有注释基因总数。

参数：groupLabel2
label of group2 on the plots.
Group2的标签上的图。

参数：header
a logical value indicating whether geneExpFile1 and geneExpFile2 contain the names of the variables as its first line. See ?read.table.
一个逻辑值，该值指示是否geneExpFile1和geneExpFile2包含的变量的名称作为其第一线。看到?read.table。

参数：sep
the field separator character. If sep = "" (the default for read.table) the separator is white space, that is one or more spaces, tabs, newlines or carriage returns. See ?read.table.
字段分隔符。如果SEP =“（为read.table默认的）分隔是空白，这是一个或多个空格，制表符，换行符或回车。看到?read.table。

参数：method
method to identify differentially expressed genes. Possible methods are:
差异表达基因的方法来确定。可能的方法是：

"LRT": Likelihood Ratio Test (Marioni et al. 2008),
"LRT"：似然比检验（Marioni等2008），

"CTR": Check whether the variation between Technical Replicates can be explained by the random sampling model (Wang et al. 2009),
"CTR"：检查是否可以通过随机抽样模型（Wang等2009）解释技术之间的差异复制，

"FET": Fisher's Exact Test (Joshua et al. 2009),
"FET"：Fisher精确检验（约书亚等人2009），

"MARS": MA-plot-based method with Random Sampling model (Wang et al. 2009),
"MARS"：主图基于随机抽样模型（Wang等2009）的方法，

"MATR": MA-plot-based method with Technical Replicates (Wang et al. 2009),
"MATR"：主图方法与技术复制（王等，2009），

"FC" : Fold-Change threshold on MA-plot.
"FC" ：倍数式更改上MA图的阈值。

参数：pValue
pValue threshold (for the methods: LRT, FET, MARS, MATR). only used when thresholdKind=1.
pValue阈值（方法：LRT, FET, MARS, MATR）。参考只用时thresholdKind=1。

参数：zScore
zScore threshold (for the methods: MARS, MATR). only used when thresholdKind=2.
zScore阈值（方法：MARS, MATR）。参考只用时thresholdKind=2。

参数：qValue
qValue threshold (for the methods: LRT, FET, MARS, MATR). only used when thresholdKind=3 or thresholdKind=4.
qValue阈值（方法：LRT, FET, MARS, MATR）。参考只使用时thresholdKind=3或thresholdKind=4。

参数：thresholdKind
the kind of threshold. Possible kinds are:
阈值的一种。可能的类型：

1: pValue threshold,
1：pValue阈值，

2: zScore threshold,
2：zScore阈值，

3: qValue threshold (Benjamini et al. 1995),
3：qValue阈值（。Benjamini等，1995），

4: qValue threshold (Storey et al. 2003),
4：qValue阈值（层等2003），

5: qValue threshold (Storey et al. 2003) and Fold-Change threshold on MA-plot are both required (can be used only when method="MARS").
5：MA图qValue阈值（层等2003）和倍数变化阈值都是必需的（可用于只有当method="MARS"）。

参数：foldChange
fold change threshold on MA-plot (for the method: FC).
主图倍阈值（方法：FC）。

参数：outputDir
the output directory.
输出目录。

参数：normalMethod
the normalization method: "none", "loess", "median" (Yang et al. 2002). recommend: "none".
归一化方法："none", "loess", "median"杨等人（2002年）。参考建议："none"。

参数：replicate1
file containing gene expression values for replicate batch1 (only used when method="MATR"). Note: replicate1 and replicate2 are two (groups of) technical replicates of a sample.
文件包含复制BATCH1基因表达值（仅用于当method="MATR"）。参考注：replicate1和replicate2是两个（组）技术复制的样本。

参数：geneColR1
gene id column in the expression file for replicate batch1 (only used when method="MATR").
基因在复制BATCH1的表达文件的id列（只用于method="MATR"）。

参数：expColR1
expression value columns in the expression file for replicate batch1 (numeric vector) (only used when method="MATR").
表达式的值列在为的复制BATCH1（数字向量）表达文件（只用时method="MATR"）。

参数：depthR1
the total number of reads uniquely mapped to genome for each replicate in replicate batch1 (numeric vector), default: take the total number of reads mapped to all annotated genes as the depth for each replicate (only used when method="MATR").
总数的读取唯一为每个复制在的复制BATCH1（数字向量），参考默认映射到基因组：映射为每个复制作为深入注释基因总数读取（只用于当method="MATR" ）。

参数：replicateLabel1
label of replicate batch1 on the plots (only used when method="MATR").
标签上的图复制BATCH1（仅用于当method="MATR"）。

参数：replicate2
file containing gene expression values for replicate batch2 (only used when method="MATR"). Note: replicate1 and replicate2 are two (groups of) technical replicates of a sample.
文件包含复制batch2基因表达值（仅用于当method="MATR"）。参考注：replicate1和replicate2是两个（组）技术复制的样本。

参数：geneColR2
gene id column in the expression file for replicate batch2 (only used when method="MATR").
基因在为复制batch2表达文件的id列（只用于method="MATR"）。

参数：expColR2
expression value columns in the expression file for replicate batch2 (numeric vector) (only used when method="MATR").
表达式的值列在为复制batch2的表达文件（数字向量）（只用时method="MATR"）。

参数：depthR2
the total number of reads uniquely mapped to genome for each replicate in replicate batch2 (numeric vector), default: take the total number of reads mapped to all annotated genes as the depth for each replicate (only used when method="MATR").
总数读取唯一映射到基因组的每个的复制batch2（数字向量），参考默认复制：采取读取映射为每个复制作为深入注释基因总数（仅用于当method="MATR" ）。

参数：replicateLabel2
label of replicate batch2 on the plots (only used when method="MATR").
图复制batch2标签（仅用于当method="MATR"）。

参数：rawCount
a logical value indicating the gene expression values are based on raw read counts or normalized values.
一个逻辑值，表明该基因的表达值的基础上原料读计数或标准化值。

参考文献----------References----------

powerful approach to multiple testing. J. R. Stat. Soc. Ser. B 57, 289-300.
Bioinformatics, 25, 1026-1032.
2-channel gene expression microarrays. BMC Genomics, 10, 221.
Genome Res., 18, 1509-1517.

slide systematic variation. Nucleic Acids Research, 30, e15.

参见----------See Also----------

DEGexp, DEGseq, getGeneExp, readGeneExp, GeneExpExample1000, GeneExpExample5000.
DEGexp，DEGseq，getGeneExp，readGeneExp，GeneExpExample1000，GeneExpExample5000。

举例----------Examples----------


 ## kidney: R1L1Kidney, R1L3Kidney, R1L7Kidney, R2L2Kidney, R2L6Kidney [＃肾：R1L1Kidney，R1L3Kidney，R1L7Kidney，R2L2Kidney，R2L6Kidney]
 ## liver: R1L2Liver, R1L4Liver, R1L6Liver, R1L8Liver, R2L3Liver[＃肝R1L2Liver，R1L4Liver，R1L6Liver，R1L8Liver，R2L3Liver]

 geneExpFile <- system.file("extdata", "GeneExpExample5000.txt", package="DEGseq")
 outputDir <- file.path(tempdir(), "DEGexpExample")
 exp <- readGeneExp(file=geneExpFile, geneCol=1, valCol=c(7,9,12,15,18))
 exp[30:35,]
 exp <- readGeneExp(file=geneExpFile, geneCol=1, valCol=c(8,10,11,13,16))
 exp[30:35,]
 DEGexp2(geneExpFile1=geneExpFile, geneCol1=1, expCol1=c(7,9,12,15,18), groupLabel1="kidney",
 geneExpFile2=geneExpFile, geneCol2=1, expCol2=c(8,10,11,13,16), groupLabel2="liver",
 method="MARS", outputDir=outputDir)
 cat("outputDir:", outputDir, "\n")

转载请注明:出自生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。

注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。

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