R语言 ChromHeatMap包 ChrStrandMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ChrStrandMatrix(ChromHeatMap)
ChrStrandMatrix()所属R语言包：ChromHeatMap

                                         Class to contain data associated with genome locations for a specific chromosome.
                                         类包含与特定染色体的基因组位置相关的数据。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Container for chromosome-specific subsets of data selected from an genome-wide ChrStrandData object, suitable for use with chrHeatMap.
集装箱的适合chrHeatMap使用的数据，从全基因组ChrStrandData对象选择染色体特定亚群。


创建对象----------Creating Objects----------

Typically, objects of this class are created and used internally by the createChrMatrix and chrHeatMap functions. Objects can be created in a similar fashion by end-users:
通常情况下，这个类的对象创建和createChrMatrix和chrHeatMap函数内部使用。最终用户可以以类似的方式创建对象：

createChrMatrix(chrdata, chr=22, strand='forward', start=21925000,     end=24300000, interval=5000)
createChrMatrix(chrdata, chr=22, strand='forward', start=21925000,     end=24300000, interval=5000)

Note that this function may combine data from multiple probes or genes (taking the mean) into a single chromosomal locus based on the size of the specified interval. If this happens the combined probe/gene identifiers are concatenated in the output object, separated by a semicolon.
请注意，此功能可结合成一个单一的染色体位点的基础上指定的时间间隔的大小由多个探针或基因（取平均值）的数据。如果发生这种情况的联合探针/基因标识串联在输出对象，用分号隔开。


插槽----------Slots----------




data The data matrix, arranged with samples in columns and
数据的数据矩阵，列中的样品，并安排




probeID An array of probe or gene identifiers associated with the data. The names attached to this array correspond with chromosome coordinate (specifically, the starting coordinates, i.e. the left-hand edges). These identifiers will ultimately be returned by e.g. the
probeID一个阵列与数据相关的探针或基因标识。连接到这个数组名对应染色体坐标（具体而言，起始坐标，即左侧边缘）。最终，这些标识符将被退回，例如由“




chr The chromosome name or number.
CHR染色体名称或号码。




strand The chromosome strand ('forward', 'reverse' or 'both').
链染色体股（“前进”，“反向”或“都”）。




start The starting chromosome coordinates for each genomic location.
开始启动染色体的每个基因组的位置坐标。




end The ending chromosome coordinates for each genomic
结束结束每个基因组的染色体坐标


方法----------Methods----------

Class-specific methods.
类的具体方法。




chrNames(ChrStrandMatrix) Returns the name of the
chrNames(ChrStrandMatrix)返回的名称




strandName(ChrStrandMatrix) Returns the chromosome
strandName(ChrStrandMatrix)返回染色体




sampleNames(ChrStrandMatrix) Returns the names of the
sampleNames(ChrStrandMatrix)返回的名称




featureNames(ChrStrandMatrix) Returns the probe or gene
featureNames(ChrStrandMatrix)返回的探针或基因




exprs(ChrStrandMatrix) Returns the chromosome-specific
exprs(ChrStrandMatrix)返回特定染色体

Standard generic methods:
标准的通用方法：




show(ChrStrandMatrix) Generates a short description of
show(ChrStrandMatrix)生成一个简短的说明




summary(ChrStrandMatrix) Generates a summary of the data
summary(ChrStrandMatrix)生成的数据汇总


作者（S）----------Author(s)----------


Tim F Rayner



参见----------See Also----------

createChrMatrix, ChrStrandData-class.
createChrMatrix，ChrStrandData-class。


举例----------Examples----------


data('demo')
stranddata <- createChrMatrix( chrdata, chr=22, strand='forward', start=21925000, end=24300000 )

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