R语言 ChIPsim包 featureDensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

featureDensity(ChIPsim)
featureDensity()所属R语言包：ChIPsim

                                         Computing density for a given feature
                                         对于一个给定功能的计算密度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This set of functions is used to generate the density of individual features of different types.  featureDensity is an S3 generic, functions may be defined for different feature classes.
这套功能是用来产生不同类型的个人特点的密度。 featureDensity是一个S3通用的，功能可以定义为不同的要素类。


用法----------Usage----------


featureDensity(x, ...)
## S3 method for class 'StableFeature'
featureDensity(x, stable=stableDens, background=FALSE, ...)
## S3 method for class 'StablePhasedFeature'
featureDensity(x, stable=stableDens, dist=distDens, background=FALSE, ...)
## S3 method for class 'ReversePhasedFeature'
featureDensity(x, stable=stableDens, dist=distDens, background=FALSE, ...)
## S3 method for class 'NFRFeature'
featureDensity(x, background=FALSE, ...)
## S3 method for class 'FuzzyFeature'
featureDensity(x, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
The feature for which the density should be computed.  
密度应计算功能。


参数：stable
Function that should be used to compute the density of a stable feature.  
功能应该被用来计算一个稳定的功能密度。


参数：dist
Function that should be used to compute the distribution of distances between adjacent features.  
相邻功能之间的距离来计算分配的功能，应使用。


参数：background
Logical indicating whether uniform background should be added to the feature.  
逻辑指示统一的背景是否应加入该功能。


参数：...
Arguments to future functions.  
未来的功能参数。


Details

详情----------Details----------

These functions are used internally by feat2dens. There should be no need to call them  directly but it is important to supply suitable featureDensity functions for new feature types.
这些函数在内部使用feat2dens。应该没有必要，直接打检测给他们，但重要的是要提供合适的featureDensity功能，新功能类型。


值----------Value----------

A two column matrix. The first column contains the density, the second the weight at each position.
一个两列的矩阵。第一列包含的密度，在每个位置上的第二个重量。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

feat2dens, makeFeatures
feat2dens，makeFeatures


举例----------Examples----------


## Create a single StableFeature[＃创建一个单一的StableFeature]
feature <- stableFeature(start = 200, weight = 0.8, shift = 10,
        stability = 1, ratio = 1)

## Convert the feature into a density (without background)[＃转换成一个密度功能（无背景）]
featDens <- featureDensity(feature)

## If we want featureDensity to automatically add uniform background[＃如果我们想featureDensity自动添加均匀背景]
## we have to ensure that the feature has a 'meanDist' parameter[＃我们必须确保该功能有一个meanDist参数]
## (this is usually added by 'reconcileFeatures').[＃（这通常是添加“reconcileFeatures）。]
feature$meanDist <- 200
featDens2 <- featureDensity(feature, background = TRUE)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。