R语言 ChIPsim包 defaultControl()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

defaultControl(ChIPsim)
defaultControl()所属R语言包：ChIPsim

                                         Default parameters for simChIP
                                         simChIP的默认参数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produces a list of parameters for each of the functions used to carry out the various stages of the simulation.
产生一个用来进行仿真的各个阶段的功能，每个参数列表。


用法----------Usage----------


defaultControl(features = list(), bindDensity = list(),
        readDensity = list(), readNames = list(), readSequence = list())



参数----------Arguments----------

参数：features
Parameters for feature generation.  
参数功能一代。


参数：bindDensity
Parameters for the conversion of feature sequence into binding site densities.   
为特征序列的结合位点密度的转换参数。


参数：readDensity
Parameters for the conversion of binding site densities into read densities. Always provides parameters      
参数转换到读取密度的结合位点的密度。始终提供参数

fragmentDefault: fragDens  
fragment默认：fragDens

meanLengthDefault: 160     
meanLength默认：160


参数：readNames
Parameters for the generation of read names.  
参数代读的名字。


参数：readSequence
Parameters for the conversion of read positions into read sequences. Always provides parameters      
转换参数读入读的序列中的位置。始终提供参数

qualityFunreadQualitySample  
的qualityFun  readQualitySample

errorFunreadError  
的errorFun  readError

readLen36     
readLen36


Details

详情----------Details----------

Any parameters passed as part of list to one of the arguments of defaultControl will be passed on to the corresponding function in simChIP. The build-in defaults can be overwritten by providing a  list entry with the same name.
任何参数列表的一部分传递的参数之一defaultControl将被传递到相应的功能simChIP。构建在违约可以通过提供具有相同名称的列表条目覆盖。


值----------Value----------

List of parameters for use as the control argument to simChIP.
作为control参数simChIP使用参数列表。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

defaultFunctions, simChIP
defaultFunctions，simChIP


举例----------Examples----------


defaultControl()
defaultControl(features=list(maxTail=0), readSequence=list(readLen=50))

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