R语言 spclust包 spdist()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spdist(spclust)
spdist()所属R语言包：spclust

                                        Compute genetic distances for experimental crosses
                                         计算遗传距离为实验叉乘

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes the expected percentage of markers shared IBD across the genome for experimental crosses of type backcross, doubled haploid, recombinant inbred line ("bc"), F2 ("f2"), or Multiparent Advanced Generation Inter-Cross with 4 or 8 parents ("magic").
此函数计算的预期百分比的共享IBD类型回交实验叉乘的整个基因组的标记，加倍单倍体，重组自交系（“BC”），F2（“F2”），或Multiparent高世代间的交叉与4 8个亲本（“神奇”）。


用法----------Usage----------


  spdist(object, type = c("bc", "f2", "magic"))



参数----------Arguments----------

参数：object
cross or mpcross object containing genetic data
交叉或mpcross对象，它包含的基因数据


参数：type
type of experimental cross
实验交叉的类型


值----------Value----------

distance object for use in spclust
用于在spclust距离物体


参见----------See Also----------

spclust
spclust


实例----------Examples----------


# Simulate a map and data using qtl package[模拟图和数据使用的QTL包。]
map <- sim.map(len=100, n.mar=101, eq.spacing=TRUE, include.x=FALSE)
dat1 <- sim.cross(map, n.ind=200, type="bc")
dat2 <- sim.cross(map, n.ind=500, type="f2")
# Calculate the distances between lines in datasets[计算中的数据集的行之间的距离]
dist1 <- spdist(dat1, "bc")
dist2 <- spdist(dat2, "f2")
# Heatmap of distances[热图的距离]
heatmap(as.matrix(dist1), Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", col=topo.colors(10))
par(mfrow=c(2, 1))
# Histogram of minimum distances between lines for full datasets[行与行之间的最小距离为完整的数据集的直方图]
d2 <- as.matrix(dist2)
diag(d2) <- NA
mind <- apply(d2, 1, function(x) min(x, na.rm=TRUE))
hist(mind, col="tomato", main="Minimum distances between all F2 lines", xlab="Distance")
# Histogram of minimum distances between selected lines[选定行之间的最小距离的直方图]
sp <- spclust(dat2, 100, method="ward")
hist(sp$mind[, 2], col="tomato", main="Minimum distances between 100 selected F2 lines", xlab="Distance")

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注：
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