R语言 spacodiR包 resamp.phy()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

resamp.phy(spacodiR)
resamp.phy()所属R语言包：spacodiR

                                        partial phylogeny randomization for tips
                                         部分系统发生随机的提示

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

resamp.phy is used to shuffle tips subtended by a set of internal nodes determining by divergence time or specified by the user
resamp.phy用于洗牌提示分歧时间对着的一组内部节点确定，或由用户指定的


用法----------Usage----------


resamp.phy(phy, node = NULL, time.threshold = 1, proportion = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：phy
a phylogenetic tree of class phylo
系统进化树的类phylo


参数：node
numeric value(s), specifying the internal node(s) whose tips to shuffle; see nodelabels
数字值（S），指定的内部节点（S），其提示重新洗牌; nodelabels


参数：time.threshold
either absolute or relative divergence times, used to define clades within which tips will be shuffled
绝对或相对的分歧时间，用来定义分支内的提示将被洗牌


参数：proportion
if TRUE, divergence times are treated as relative (0: present; 1: root)
如果TRUE，分歧时间处理为（0: present;相对1: root）


Details

详细信息----------Details----------

Either a numeric vector is supplied for node or a time.threshold.  If given a set of nodes, this  function will naively shuffle tips descended from the nodes in the order supplied (without regard to whether any internal node  in the vector is a descendant of any other node in the node vector).  If given a time.threshold, tips will be reshuffled  within non-nested clades that have a rootmost node that occurs within the range [0, time.threshold].  Note that regard to  absolute divergence times can be enforced with proportion=FALSE. Note further that resamp.phy(phy=phy, node=NULL, node.threshold=1, proportion=TRUE)
无论是数字矢量提供的node或time.threshold。如果给定一组node的，这个函数会天真地洗牌技巧的后裔节点提供的顺序（不考虑是否有任何内部节点向量中的任何其他节点的后代在node 向量）。如果给定一个time.threshold，提示将重新洗牌的非嵌套分支内发生的范围内[0, time.threshold]的一个rootmost节点。需要注意的是绝对的分歧时间可以强制执行proportion=FALSE。还请注意，resamp.phy(phy=phy, node=NULL, node.threshold=1, proportion=TRUE)


值----------Value----------

a phylogenetic tree whose tips have been shuffled (without any modification of the underlying topology)
系统进化树的尖端一直拖着不作任何修改的基本拓扑


（作者）----------Author(s)----------


Jonathan Eastman



参考文献----------References----------

structure of local communities: statistical performances of  different null models and test statistics on a locally neutral  community. Journal of Ecology 96:914-926.

参见----------See Also----------

see nodelabels for values given for internal nodes and how these are retrieved
nodelabels内部节点的值，以及如何将这些检索


实例----------Examples----------


# load a tree[加载树]
data(sp.example)
attach(sp.example)
plot(phy)
mtext("original phylogeny")

# reshuffle within a time range[洗牌的时间范围内]
time=1/3
bb=branching.times(phy)
bb=bb/max(bb)
nodes=(Ntip(phy)+1):max(phy$edge)
nodes[bb<=time]=1

dev.new()
plot(resamp.phy(phy, time.threshold=time, proportion=TRUE))
mtext("reshuffled phylogeny showing affected nodes")
nodelabels(cex=ifelse(nodes==1, 2, NA), col=ifelse(nodes==1, 1, NA), pch=19)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。