R语言 SPA3G包 Score.Test.Overall()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Score.Test.Overall(SPA3G)
Score.Test.Overall()所属R语言包：SPA3G

                                         Implement the overall genetic effect test for H0:
                                         实现的整体遗传效应试验H0：

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Score.Test.Overall returns results of overall genetic effect test, including score test statistic, estimated degree of freedom and scale parameter, and test p-value.
Score.Test.Overall返回结果的的整体遗传效应试验，包括得分检验统计量，估计程度的自由和尺度参数，并检验p值。


用法----------Usage----------


Score.Test.Overall(Y, K1, K2, K3)



参数----------Arguments----------

参数：Y
numerical vector: quantitative phenotypes  
数值向量量化表型


参数：K1
matrix: kernel matrix of the first gene.  
矩阵：核矩阵的第一个基因。


参数：K2
matrix: kernel matrix of the second gene.  
矩阵：核矩阵的第二个基因。


参数：K3
matrix: elementwise multiplication of K1 and K2  
K1和K2的矩阵：的elementwise的乘法


值----------Value----------


参数：Score
score statistic
分数统计


参数：df
estimated degree of freedom for the scaled chi-square
估计自由度的比例卡方


参数：scale
estimated scale parameter for the scaled chi-square
估计尺度参数的比例卡方


参数：p.value
test p-value
检验的P值


实例----------Examples----------




## The function is currently defined as[＃功能目前被定义为]
  function (Y, K1, K2, K3)
  {
    b <- mean(Y)
    sig2 <- var(Y)
    U <- t(Y - b) %*% (K1 + K2 + K3) %*% (Y - b)/(2 * sig2)
    M <- (K1 + K2 + K3)
    e <- TRACE(PROJECT(M))/2
    c11 <- TT(PROJECT(K1), PROJECT(K1))
    c12 <- TT(PROJECT(K1), PROJECT(K2))
    c13 <- TT(PROJECT(K1), PROJECT(K3))
    c22 <- TT(PROJECT(K2), PROJECT(K2))
    c23 <- TT(PROJECT(K2), PROJECT(K3))
    c33 <- TT(PROJECT(K3), PROJECT(K3))
    COV <- matrix(c(c11, c12, c13, c12, c22, c23, c13, c23, c33),
        3, 3)
    Its <- c(TRACE(PROJECT(K1)), TRACE(PROJECT(K2)), TRACE(PROJECT(K3)))
    correct_COV <- (COV - Its %*% t(Its)/(n - 1))/2
    Itt <- sum(correct_COV)
    k <- Itt/(2 * e)
    v <- 2 * e^2/Itt
    pvalue <- pchisq(U/k, df = v, lower.tail = FALSE)
    object <- list(Score = U, p.value = pvalue, df = v, scale = k)
    class(object) <- "Score Test: tau1=tau2=tau3=0"
    return(object)
  }

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。