R语言 someMTP包 p.adjust.w()函数中文帮助文档(中英文对照)

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p.adjust.w(someMTP)
p.adjust.w()所属R语言包：someMTP

                                         Adjust P-values for Multiple Comparisons
                                         调整多重比较的P值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a set of p-values, returns p-values adjusted using one of several (weighted) methods. It extends the method of p.adjust{stats}
p-值，返回给定一组p-值调整使用几个（加权）的方法之一。它延伸的方法p.adjust{stats}


用法----------Usage----------


p.adjust.w(p, method = c("bonferroni","holm","BHfwe","BH","BY"), n = length(p),w=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：p
vector of p-values (possibly with NAs)
p-值的矢量（可能定居）


参数：method
correction method
修正方法


参数：n
number of comparisons, must be at least length(p); only set this (to non-default) when you know what you are doing!
数的比较，必须至少有长度为（p）只设置（非默认），当你知道你在做什么！


参数：w
weigths to be used. p.adjust.w(..., rep(1,length(p))) produces the same results as in p.adjust(...) (i.e. the unweighted counterpart).
要使用的weigths。 p.adjust.w(..., rep(1,length(p)))如p.adjust(...)（即未加权的副本）产生相同的结果。


值----------Value----------

A vector of corrected p-values (same length as p) having two attributes: attributes(...)$w is the vecotr of used weights and attributes(...)$method is the method used.
的矢量校正P值（相同的长度为P），具有两个属性：attributes(...)$w是使用的重量和vecotr attributes(...)$method是使用的方法。


（作者）----------Author(s)----------



Livio Finos




参考文献----------References----------


Benjamini, Hochberg (1997). Multiple hypotheses testing with weights. Scand. J. Statist. 24, 407-418.
Finos,  Salmaso (2007). FDR- and FWE-controlling methods using data-driven weights. Journal of Statistical Planning and Inference, 137,12, 3859-3870.

参见----------See Also----------

p.adjust
p.adjust


实例----------Examples----------


set.seed(13)
y <- matrix(rnorm(5000),5,1000) #create toy data[创建玩具数据]
y[,1:100] <- y[,1:100]+3 #create toy data[创建玩具数据]

p <- apply(y,2,function(y) t.test(y)$p.value) #compute p-values[计算p-值]
M2 <- apply(y^2,2,mean) #compute ordering criterion[计算排序标准]

fdr   <- p.adjust(p,method="BH") #(unweighted) procedure, fdr control[（未加权）程序，FDR控制]
sum(fdr<.05)
fdr.w &lt;- p.adjust.w(p,method="BH",w=M2) #weighted procedure, weighted fdr control[加权程序，加权FDR控制]
sum(fdr.w<.05)

fwer   &lt;- p.adjust(p,method="holm") #(unweighted) procedure, fwer control[（未加权）程序，fwer控制]
sum(fwer<.05)
fwer.w &lt;- p.adjust.w(p,method="BHfwe",w=M2) #weighted procedure, weighted fwer (=fwer) control[加权程序，的加权fwer（= fwer）控制]
sum(fwer.w<.05)

plot(M2,-log10(p))

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