R语言 SNPRelate包 snpgdsSelectSNP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsSelectSNP(SNPRelate)
snpgdsSelectSNP()所属R语言包：SNPRelate

                                         SNP selection
                                         SNP选择

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a list of candidate SNPs based on specified criteria
根据指定的条件，创建一个列表的候选SNP


用法----------Usage----------


snpgdsSelectSNP(gdsobj, sample.id=NULL, snp.id=NULL, autosome.only=TRUE,
        remove.monosnp=TRUE, maf=NaN, missing.rate=NaN, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


参数：autosome.only
if TRUE, use autosomal SNPs only
如果为TRUE，使用常染色体SNP位点


参数：remove.monosnp
if TRUE, remove monomorphic SNPs
如果为TRUE，删除单态的单核苷酸多态性


参数：maf
to use the SNPs with ">= maf" only; if NaN, no any MAF threshold
如果为NaN，没有任何MAF阈值使用的单核苷酸多态性“> = MAF”;


参数：missing.rate
to use the SNPs with "<= missing.rate" only; if NaN, no any missing threshold
如果为NaN，没有任何遗漏的阈值使用的单核苷酸多态性“<= missing.rate。”而已;


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


值----------Value----------

Return a list of snp ids.
返回一个列表的SNP IDS。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsSampMissrate, snpgdsSNPRateFreq, snpgdsLDpruning
snpgdsSampMissrate，snpgdsSNPRateFreq，snpgdsLDpruning


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

snpset <- snpgdsSelectSNP(genofile, maf=0.05, missing.rate=0.95)

# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)

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