R语言 SNPRelate包 snpgdsIBDMLELogLik()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsIBDMLELogLik(SNPRelate)
snpgdsIBDMLELogLik()所属R语言包：SNPRelate

                                         Log likelihood for MLE method in the Identity-By-Descent (IBD) Analysis
                                         为MLE身份的下降（IBD）分析方法在对数似然

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate the log likelihood values from maximum likelihood estimation.
计算对数似然值最大似然估计。


用法----------Usage----------


snpgdsIBDMLELogLik(gdsobj, ibdobj, k0 = NaN, k1 = NaN,
        relatedness = c("", "self", "fullsib", "offspring", "halfsib", "cousin", "unrelated"))



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：ibdobj
the snpgdsIBDClass object returned from snpgdsIBDMLE
snpgdsIBDClass对象从snpgdsIBDMLE返回


参数：k0
specified IBD coefficient
指定的IBD系数


参数：k1
specified IBD coefficient
指定的IBD系数


参数：relatedness
specify a relatedness, otherwise use the values of k0 and k1
指定关联，否则使用值K0和K1


Details

详细信息----------Details----------

If (relatedness == "") and (k0 == NaN or k1 == NaN), then return the log likelihood values for each (k0, k1) stored in ibdobj. \ If (relatedness == "") and (k0 != NaN) and (k1 != NaN), then return the log likelihood values for a specific IBD coefficient (k0, k1). \ If relatedness is: "self", then k0 = 0, k1 = 0; "fullsib", then k0 = 0.25, k1 = 0.5; "offspring", then k0 = 0, k1 = 1; "halfsib", then k0 = 0.5, k1 = 0.5; "cousin", then k0 = 0.75, k1 = 0.25; "unrelated", then k0 = 1, k1 = 0.
如果（relatedness==“”）和（K0 == NaN或K1 == NaN的），然后返回对每个（K0，K1）存储在ibdobj中的对数似然值。 \如果（relatedness==“”）和（K0 = NaN）的和（K1 = NaN的），然后返回一个特定的IBD的系数（K0，K1）的对数似然值。 \如果relatedness是：“自我”，然后K0 = 0，K1 = 0;“fullsib”，然后K0 = 0.25，K1 = 0.5;“后代”，然后K0 = 0，K1 = 1 “halfsib”，然后K0 = 0.5，K1 = 0.5;“表兄弟”，然后K0 = 0.75，K1 = 0.25;“无关”，然后K0 = 1，K1 = 0。


值----------Value----------

Return a n-by-n matrix of log likelihood values, where n is the number of samples.
返回一个对数似然值的n×n矩阵，其中n为样本数。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------


Genetic relatedness analysis: modern data and new challenges. Nat Rev Genet. 7(10):771-80.
Case-control association testing in the presence of unknown relationships. Genet Epidemiol 33(8):668-78.

参见----------See Also----------

snpgdsIBDMLE, snpgdsIBDMoM
snpgdsIBDMLE，snpgdsIBDMoM

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