R语言 SNPRelate包 snpgdsGetGeno()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsGetGeno(SNPRelate)
snpgdsGetGeno()所属R语言包：SNPRelate

                                         To get a genotype matrix
                                         为了得到一个基因型矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To get a genotype matrix from a specified GDS file
为了得到一个基因型矩阵从指定的GDS文件


用法----------Usage----------


snpgdsGetGeno(gdsobj, sample.id=NULL, snp.id=NULL, snpfirstorder=NULL, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：gdsobj
the gdsclass object in the gdsfmt package
gdsclass对象在gdsfmt包


参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都


参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP


参数：snpfirstorder
if TRUE, genotypes are stored in the individual-major mode, (i.e, list all SNPs for the first individual, and then list all SNPs for the second individual, etc); if NULL, determine automatically
如果为true，基因型存储在个人主要的模式，（即列出所有SNP的第一个人，然后列出所有SNP的第二个人，等），如果为NULL，自动确定


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


值----------Value----------

Return an integer matrix.
返回一个整数基质。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参见----------See Also----------

snpgdsCreateGeno, snpgdsCreateGenoSet, snpgdsCombineGeno
snpgdsCreateGeno，snpgdsCreateGenoSet，snpgdsCombineGeno


实例----------Examples----------


# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName())

snpset <- sample(read.gdsn(index.gdsn(genofile, "snp.id")), 1000)
mat <- snpgdsGetGeno(genofile, snp.id=snpset)
mat[!is.element(mat, c(0,1,2))] <- NA
dim(mat)

# close the file[关闭文件]
closefn.gds(genofile)

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