snpgdsCreateGenoSet(SNPRelate)
snpgdsCreateGenoSet()所属R语言包：SNPRelate
Create a SNP genotype dataset from a GDS file
从GDS文件中创建一个SNP基因型数据集
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
To create a GDS file of genotypes from a specified GDS file.
要创建一个GDS文件从指定的GDS文件的基因型。
用法----------Usage----------
snpgdsCreateGenoSet(src.fn, dest.fn, sample.id=NULL, snp.id=NULL,
snpfirstorder=NULL, compress.annotation="ZIP.max", compress.geno="", verbose=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：src.fn
the file name of a specified GDS file
指定的GDS的文件的文件名
参数：dest.fn
the file name of output GDS file
输出的GDS文件的文件名
参数：sample.id
a vector of sample id specifying selected samples; if NULL, all samples are used
一个向量的样品ID指定选取的样本，如果为NULL，所有样本都
参数：snp.id
a vector of snp id specifying selected SNPs; if NULL, all SNPs are used
一个向量指定选定的单核苷酸多态性SNP ID，如果为NULL，所有的SNP
参数：snpfirstorder
if TRUE, genotypes are stored in the individual-major mode, (i.e, list all SNPs for the first individual, and then list all SNPs for the second individual, etc)
如果为TRUE，个别主要的模式，（即，列表全部的SNPs的第一个体中，和然后列出所有的单核苷酸多态性的第二单个等被存储在基因型）
参数：compress.annotation
the compression method for the variables except genotype
的压缩方法的变量除了genotype
参数：compress.geno
the compression method for the variable genotype
的压缩方法的变量genotype
参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息
值----------Value----------
None.
无。
（作者）----------Author(s)----------
Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>
参见----------See Also----------
snpgdsCreateGeno, snpgdsCombineGeno
snpgdsCreateGeno，snpgdsCombineGeno
实例----------Examples----------
# open an example dataset (HapMap)[打开示例数据集（人类基因组单体型图）]
(genofile <- openfn.gds(snpgdsExampleFileName()))
# + [ ][+ []]
# |--+ sample.id [ dFStr8 279 ZIP(23.10%) ][| - + sample.id dFStr8 279 ZIP（23.10％）]]
# |--+ snp.id [ dInt32 45440 ZIP(34.60%) ][| - + snp.id dInt32 45440的ZIP（34.60％）]]
# |--+ snp.rs.id [ dFStr8 45440 ZIP(41.05%) ][| - + snp.rs.id [dFStr8 45440的ZIP（41.05％）]]
# |--+ snp.position [ dInt32 45440 ZIP(94.25%) ][| - + snp.position [dInt32 45440的ZIP（94.25％）]]
# |--+ snp.chromosome [ dInt32 45440 ZIP(0.14%) ][| - + snp.chromosome的dInt32 45440 ZIP（0.14％）]]
# |--+ snp.allele [ dFStr8 45440 ZIP(13.36%) ][| - + snp.allele [dFStr8 45440的ZIP（13.36％）]]
# |--+ genotype [ dBit2 45440x279 ][| - +基因型[dBit2 45440x279]]
# |--+ sample.annot [ ] *[| - + sample.annot [] *]
# | |--+ sex [ dFStr8 279 ZIP(28.32%) ] *[| | - +性别[dFStr8 279 ZIP（28.32％）] *]
# | |--+ pop.group [ dFStr8 279 ZIP(7.89%) ] *[| - + pop.group的[dFStr8 279 ZIP（7.89％）] *]
snpset <- unlist(snpgdsLDpruning(genofile))
length(snpset)
# 43518[43518]
# close the genotype file[关闭基因型文件]
closefn.gds(genofile)
snpgdsCreateGenoSet(snpgdsExampleFileName(), "test.gds", snp.id=snpset)
####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]
# check[查]
(gfile <- openfn.gds("test.gds"))
# + [ ][+ []]
# |--+ sample.id [ dFStr8 279 ZIP(23.10%) ][| - + sample.id dFStr8 279 ZIP（23.10％）]]
# |--+ snp.id [ dInt32 43518 ZIP(34.61%) ][| - + snp.id dInt32 43518的ZIP（34.61％）]]
# |--+ snp.rs.id [ dFStr8 43518 ZIP(41.09%) ][| - + snp.rs.id [dFStr8 43518的ZIP（41.09％）]]
# |--+ snp.position [ dInt32 43518 ZIP(94.16%) ][| - + snp.position [dInt32 43518的ZIP（94.16％）]]
# |--+ snp.chromosome [ dInt32 43518 ZIP(0.14%) ][| - + snp.chromosome的dInt32 43518 ZIP（0.14％）]]
# |--+ snp.allele [ dFStr8 43518 ZIP(13.37%) ][| - + snp.allele [dFStr8 43518的ZIP（13.37％）]]
# |--+ genotype [ dBit2 43518x279 ] *[| - +基因型[dBit2 43518x279]]
closefn.gds(gfile)
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发表于 2012-9-30 11:13:04
