R语言 SNPRelate包 snpgdsBED2GDS()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpgdsBED2GDS(SNPRelate)
snpgdsBED2GDS()所属R语言包：SNPRelate

                                        Conversion from BED to GDS
                                         转换从床上GDS

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert a PLINK binary ped file to a GDS file.
一个PLINK二进制PED文件转换到GDS文件。


用法----------Usage----------


snpgdsBED2GDS(bed.fn, fam.fn, bim.fn, out.gdsfn, compress.annotation="ZIP.max", verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：bed.fn
the file name of binary file, genotype information
二进制文件的文件名，基因型信息


参数：fam.fn
the file name of first six columns of *.ped
前六列*的文件名。PED


参数：bim.fn
the file name of extended MAP file: two extra cols = allele names
两个额外的列=等位基因名扩展MAP文件的文件名：


参数：out.gdsfn
the output gds file
输出GDS文件


参数：compress.annotation
the compression flag of the nodes stored, except "genotype"; the string value is defined in the function of add.gdsn
压缩标志的存储节点，除了“基因型”的字符串值定义在add.gdsn的功能


参数：verbose
if TRUE, show information
如果为TRUE，显示信息


Details

详细信息----------Details----------

GDS – Genomic Data Structures, the extended file name used for storing genetic data, and the file format used in the gdsfmt package.
GDS  - 基因组数据结构，用于储存遗传数据，文件的扩展名和文件格式，用于在gdsfmt包。

BED – the PLINK binary ped format.
BED  -  PLINK的二进位PED格式。


值----------Value----------

None.
无。


（作者）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng <a href="mailto:zhengx@u.washington.edu">zhengx@u.washington.edu</a>



参考文献----------References----------

de Bakker PIW, Daly MJ &amp; Sham PC. 2007. PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis. American Journal of Human Genetics, 81.


参见----------See Also----------

snpgdsBED2GDS, snpgdsGDS2PED
snpgdsBED2GDS，snpgdsGDS2PED


实例----------Examples----------


# PLINK BED files[PLINK BED文件]
bed.fn <- system.file("extdata", "plinkhapmap.bed", package="SNPRelate")
bim.fn <- system.file("extdata", "plinkhapmap.bim", package="SNPRelate")
fam.fn <- system.file("extdata", "plinkhapmap.fam", package="SNPRelate")

# convert[兑换]
snpgdsBED2GDS(bed.fn, fam.fn, bim.fn, "HapMap.gds")

# open[打开]
genofile <- openfn.gds("HapMap.gds")
genofile

# close[关闭]
closefn.gds(genofile)

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