R语言 SNPMaP包 snpmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpmap(SNPMaP)
snpmap()所属R语言包：SNPMaP

                                        SNP Microarrays and Pooling
                                         SNP芯片技术和Pooling

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions to process SNPMaP data from CEL files to Relative Allele Score summaries (rasS).
从CEL文件到的相对等位基因分数汇总（RASS）SNPMaP数据处理的功能。


用法----------Usage----------


snpmap(cels = dir(pattern = ".[cC][eE][lL]$"), lowMemory = TRUE, set = 1,
        useMM = FALSE, normalize = FALSE, log.intensities = FALSE, ras.summary = qcMean,
        tempDir = ".", RUN = "cel2rasS", interactive=FALSE, ...)
msnpmap(cels = dir(pattern = ".[cC][eE][lL]$"), lowMemory = TRUE, set = 0,
        useMM = FALSE, normalize = FALSE, log.intensities = FALSE, ras.summary = qcMean,
        tempDir = ".", RUN = "cel2rasS", interactive=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：cels
character; a vector of CEL files to use in the analysis
字符;的CEL文件，在分析中使用的矢量


参数：lowMemory
logical; should the SNP data be stored on disk rather than in memory?
逻辑，SNP数据存储在磁盘上，而不是存储在内存吗？


参数：set
numeric, a single number for snpmap or a vector for msnpmap; the probesets to include see SNPMaP.cdm-package. The special set=0 corresponds to all the sets on the array.
数字，单号为snpmap为msnpmap或矢量的probesets，包括看SNPMaP.cdm-package。特殊的set=0对应到sets的阵列上。


参数：useMM
logical; should mismatch probes be used in the analysis (if they are present on the array)?
逻辑，在分析中使用的错配探针（如果它们是在阵列上存在）？


参数：normalize
logical; should the probe intensities be quantile normalised across arrays?
逻辑的探针强度，是标准化跨阵列的位数吗？


参数：log.intensities
logical; use the natural log of the probe intensities?
逻辑使用的探针强度的自然对数？


参数：ras.summary
function to compute summary statistic for RAS scores on each chip. See SNPMaP-class.
函数来计算，每个芯片上的RAS分数汇总统计。见SNPMaP-class。


参数：tempDir
character; writable directory to store the probe data if lowMemory=TRUE.
字符，可写的目录来存储探测数据，如果lowMemory=TRUE。


参数：RUN
character, name of a workflow function cel2*; see cel2ras().
字符，名称的工作流程功能cel2*看cel2ras()。


参数：interactive
logical; should snpmap() prompt for CEL files (Windows only)?
逻辑，snpmap()提示CEL文件（仅适用于Windows）？


参数：...
addtional arguments passed on to workflow function.
addtional参数传递到工作流的功能。


Details

详细信息----------Details----------

snpmap() sets up the SNPMaP analysis and calls a workflow function to extract the data from the CEL files to 'raw' intensity data for all probes on the array (at any set), to a 'long' format matrix (one column per array), to a 'short' format matrix (one row per probeset), to 'ras' (a matrix of Relative Allele Scores, one per quartet, one row per probeset), or to 'rasS' (a matrix of RAS, one per probeset, one column per array). Specifying lowMemory=TRUE stores the data as a FileDoubleMatrix on disk rather than in memory.
snpmap()设置了SNPMaP的分析和调用工作流程功能来提取数据的CEL文件强度“原始”的所有探测器阵列上的数据（在任何set），到长格式的矩阵（每个阵列的一列），一个“短”格式的矩阵（每行各一个探针组），ras基因（相对等位基因＃的矩阵，每一个四重峰，探针组的每行各一个），或RASS （的RAS的矩阵，每一个探针组，每个阵列的一列）。指定lowMemory=TRUE作为FileDoubleMatrix在磁盘上，而不是存储在内存中存储的数据。


值----------Value----------

Object of class SNPMaP for snpmap(); list of SNPMaP objects for msnpmap().
类的对象SNPMaP snpmap()SNPMaP对象名单msnpmap()。


警告----------Warning----------

snpmap() returns the SNPs from a single set on the array. For some arrays you will need to call snpmap() several times to access all the SNPs, or msnpmap(set=0).
snpmap()返回从一个单一的set阵列上的单核苷酸多态性。对于某些阵列中，你将需要调用snpmap()几次访问所有的单核苷酸多态性，或msnpmap(set=0)。


参见----------See Also----------

SNPMaP-package.<br> SNPMaP.cdm-package.<br> SNPMaP-class for SNPMaP objects and methods.<br> cel2ras() for workflow functions.<br> disk2memory() to transfer SNPMaP objects between disk and memory.<br> cloneSNPMaP() to copy a SNPMaP object on disk.<br> writeSNPMaP() to write SNPMaP objects to text files.<br> norm(), the quantile normalization function.<br> logIntensities(), the function that logs the raw intensities.
SNPMaP-package。<BR> SNPMaP.cdm-package。<BR>的SNPMaP-class对<BR>为SNPMaP的对象和方法。cel2ras()对<BR>工作流功能。disk2memory()转让SNPMaP对象磁盘和内存之间。<BR> cloneSNPMaP()复制SNPMaP对象在磁盘上。<BR>writeSNPMaP()写SNPMaP对象的文本文件。<BR> norm()，分位数标准化的功能。<BR>logIntensities()，记录的原始强度的功能。


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
## Getting started[＃入门]
## Creates the 'raw' SNPMaP object x on disk with mismatch probes included[＃创建“原始”SNPMaP对象x磁盘上的错配探针]
x<-snpmap(useMM=TRUE, RUN='cel2raw', lowMemory=TRUE)
## Print a summary of the SNPMaP object[打印摘要的SNPMaP对象的]
summary(x)
## Add a comment (prints in the summary)[＃添加评论（打印摘要）]
comment(x)<-'High and low extreme pools from January'
## View pseudo image to screen for artefacts[＃查看屏幕文物的假象]
image(x)
## Plot probe intensities[＃图探针强度]
plot(x, FUN=log)
boxplot(x, FUN=log)
## tidy=TRUE removes the FileDoubleMatrix from the old x to keep the disk tidy[＃整齐= TRUE消除了从旧的X FileDoubleMatrix保持磁盘整洁]
x<-raw2ras(x, tidy=TRUE)
## Plot Relative Allele Scores[＃图相对等位基因成绩的]
plot(x)
## Default tidy=FALSE does not remove the original FileDoubleMatrix from disk[＃默认整齐= FALSE不从磁盘上删除原来的FileDoubleMatrix]
## Useful if you want to keep x (no side effects)[＃有用的，如果你想保持X（无副作用）]
y<-ras2rasS(x)
## View the first ten rows[＃查看前十行]
as.matrix(y[1:10,])
## View a set of SNPs[＃查看一组的单核苷酸多态性]
as.matrix(y[c("SNP_A-4192909", "SNP_A-4192918"),])
## Transfer the SNPMaP object from disk to memory[从磁盘到内存】＃转移的SNPMaP的的对象]
y<-disk2memory(y, tidy=TRUE)
## Run the analysis again from CEL files to RAS summaries without viewing intermediate stages[＃再次运行分析CEL文件的的RAS摘要不观看的中间阶段]
## This time in memory (may require a lot of RAM)[＃这个时候在内存中（可能需要大量的RAM）]
z<-snpmap(useMM=TRUE, RUN='cel2rasS', lowMemory=FALSE)
plot(z)
## Get the RAS summary scores as a standard matrix[＃取得RAS总结成绩作为标准矩阵]
rasSummaries<-as.matrix(z)
## Read all the sets into a list[＃读取到一个列表中的所有套]
allSets<-msnpmap(set=0)

## End(Not run)[＃（不执行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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