R语言 SNPassoc包 Bonferroni.sig()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Bonferroni.sig(SNPassoc)
Bonferroni.sig()所属R语言包：SNPassoc

                                         Bonferroni correction of p values
                                         Bonferroni校正的p值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function shows the SNPs that are statistically significant after correcting for the number of tests performed (Bonferroni correction) for an object of class "WGassociation"
此功能的单核苷酸多态性，在统计上显着的校正后进行的检验数量（Bonferroni校正）为对象的类“WGassociation”


用法----------Usage----------


Bonferroni.sig(x, model = "codominant", alpha = 0.05,
      include.all.SNPs=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class 'WGassociation'.
对象类的WGassociation。


参数：model
a character string specifying the type of genetic model (mode of inheritance). This  indicantes how the genotypes should be collapsed when 'plot.summary' is TRUE. Possible values are "codominant", "dominant", "recessive", "overdominant", or "log-additive".  The default is "codominant". Only the first words are required, e.g "co", "do", ... .
一个字符串指定类型的遗传模型（模式的继承）。这indicantes的基因型应如何崩溃时，plot.summary“是TRUE。可能的值是“显性”，“显性”，“隐性”，“超显性”或“log添加剂”。默认值是“显性”。只有第一个字是必需的，例如，“合作”，“做”，... 。


参数：alpha
nominal level of significance. Default is 0.05
标称水平具有重要意义。默认值是0.05


参数：include.all.SNPs
logical value indicating whether all SNPs are considered in the Bonferroni correction. That is, the number of performed tests is equal to the number of SNPs or equal to the number of SNPs where a p value may be computed. The default value is FALSE indicating that the  number of tests is equal to the number of SNPs that are non Monomorphic and the rate of genotyping is greater than the percentage indicated in the GeneticModel.pval function.      
逻辑值，该值指示是否所有的SNPs被认为是在Bonferroni校正。也就是说，执行测试的数目的SNPs的数目等于或等于其中ap值可以被计算的单核苷酸多态性的数目。默认值是FALSE，表明测试的数量是相等的SNP位点的数目，非单形和基因分型率大于GeneticModel.pval函数表示的百分比。


Details

详细信息----------Details----------

After deciding the genetic model, the function shows the SNPs that are statistically significant at  alpha level corrected by the number of performed tests.
决定后的遗传模型，该功能显示的SNPs在alpha水平校正执行的测试的数目，在统计学上显着的。


值----------Value----------

A data frame with the SNPs and the p values for those SNPs that are statistically significant after Bonferroni correction
一个数据框的单核苷酸多态性，这些SNP位点的P值经Bonferroni校正后，在统计上显着的


参见----------See Also----------

WGassociation
WGassociation


实例----------Examples----------


data(SNPs)
datSNP<-setupSNP(SNPs,6:40,sep="")
ans<-WGassociation(protein~1,data=datSNP,model="all")
Bonferroni.sig(ans, model="codominant", alpha=0.05, include.all.SNPs=FALSE)


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