R语言 annotationTools包 ps2ps()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ps2ps(annotationTools)
ps2ps()所属R语言包：annotationTools

                                        Find orthologous/homologous probe sets across two different Affymetrix microarray formats using HomoloGene
                                         查找同源/同源探针组，跨越两个不同的Affymetrix的基因芯片使用HomoloGene格式

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Takes two Affymetrix annotation files, the HomoloGene database, a target species ID and returns a mapping table with homologous/orthologous probe sets.
注意到两个Affymetrix的注释文件，HomoloGene数据库，目标物种ID和直系同源/探针组返回的映射表。


用法----------Usage----------


ps2ps(annotation_1,annotation_2,homologene,target_species,probesets=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：annotation_1
A data.frame with Affymetrix annotation for the source microarray format.
与Affymetrix的注释为源芯片格式的数据框。


参数：annotation_2
A data.frame with Affymetrix annotation for the target microarray format.
与Affymetrix的注释为目标芯片格式的数据框。


参数：homologene
A data.frame with HomoloGene database.
与HomoloGene数据库中的数据框。


参数：target_species
The target species identifier (i.e. the species corresponding to the target microarray).
目标物种的识别码（即对应目标芯片的物种）。


参数：probesets
A vector of probe set identifiers. If not specified, all probe sets on the source microarray format are mapped (default).
探针集标识符的向量。如果没有指定，所有源芯片格式探针集映射（默认）。


Details

详情----------Details----------

A table of orthologous/homologous probe sets is built by looking up gene IDs (corresponding to the probe sets on the source microarray array) in HomoloGene to find their orthologs, and identifying probe sets in the target microarray that probe the orthologous gene transcripts.
直系/同源探针组HomoloGene找到其同源基因的ID（对应源芯片阵列探针集），并确定在目标芯片的探针组，探讨同源的基因转录建成。表

Affymetrix annotation files can be obtained from Affymetrix (http://www.affymetrix.com). A flat file database version can be obtained from HomoloGene (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HomoloGene) Target species ID are defined by the NCBI Taxonomy database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy)
Affymetrix的注释文件可从Affymetrix公司（http://www.affymetrix.com）。可以得到一个平面文件数据库版本HomoloGene（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HomoloGene）目标物种ID是由NCBI的分类数据库（http://www.ncbi.nlm.nih定义。 GOV /分类）


值----------Value----------


参数：mappingTable
A data.frame with four columns and as many rows as there are probe sets in the source annotation. Eache row corresponds to a probe set in the source annotation (column1), the corresponding gene IDs (column 2), the orthologous gene IDs in the target species (column 3), and the probe sets in the target annotation correspondin to the orthologous gene IDs (column 4).
一个四列，并尽可能多的行有探针集在源注释的数据框。 eache行对应探针设置在源代码注释（column1）的，相应的基因标识（2列），在目标物种的同源基因的ID（第3列），和探针设置目标注释都有对应的同源基因IDS（4列）。


作者（S）----------Author(s)----------


Alexandre Kuhn



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
##load Affymetrix annotations[＃负载Affymetrix的注释]
annotMouse<-read.csv('Mouse430_2_annot.csv',colClasses='character',comment.char='#')[）]
annotHuman<-read.csv('HG-U133A_annot.csv',colClasses='character',comment.char='#')[）]

##load HomoloGene database[＃加载HomoloGene数据库]
homologene<-read.delim('homologene.data',header=FALSE)

##define target species ID [＃定义目标物种的ID]
homoSapiens_ID<-9609

##map all probe sets on mouse array Mouse 430 2.0 to their orthologs on human array HG-U133A[＃映射所有探针设置鼠标的数组鼠标430 2.0对人体阵列HG-U133A其同源]
mappingTable<-ps2ps(annotMouse,annotHuman,homologene,homoSapiens_ID)

##write mapping table to disk[＃写入到磁盘映射表]
write.table(mappingTable,file='Mouse4302_HGU133A.txt',sep='\t',col.names=T,row.names=F,quote=FALSE)

##to map the first 10 probe sets given in the annotation only[仅＃映射的前10个探针设置在注释]
mappingTable<-ps2ps(annotMouse,annotHuman,homologene,targetSpecies,probesets=annotMouse[1:10,1])

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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