R语言 SimHap包 summary.snpQuant()函数中文帮助文档(中英文对照)

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summary.snpQuant(SimHap)
summary.snpQuant()所属R语言包：SimHap

                                        Summarizing single SNP analysis models for quantitative outcomes
                                         单个SNP的分析模型进行定量的结果综述

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summary method for objects of class snpQuant
摘要方法的类的对象的snpQuant


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'snpQuant'
summary(object, ...)
## S3 method for class 'summary.snpQuant'
print(x, digits = max(3, getOption("digits") - 3),
        signif.stars = getOption("show.signif.stars"), ...)




参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class snpQuant, a result of a call to snp.quant.
类的一个对象snpQuant，其结果，调用snp.quant。


参数：x
an object of class summary.snpQuant, the result of a call to  <PRE>summary.snpQuant.</PRE>
类的一个对象summary.snpQuant，结果的调用<PRE> summary.snpQuant。</ PRE>


参数：digits
the number of significant digits to use when printing.
打印时所使用的数量显著数字。


参数：signif.stars
logical. If TRUE, &ldquo;significance stars" are printed for each coefficient.
逻辑。如果TRUE，“意义明星”打印每个系数。


参数：...
further arguments passed to or from other methods.
进一步的参数传递给其他方法。


值----------Value----------

summary.snpQuant returns an object of class summary.snpQuant, a list with components
summary.snpQuant返回一个对象，组件类summary.snpQuant“的列表


参数：call
the formula call.
的公式通话。


参数：terms
terms attribute of the formula called in snp.quant.
条款属性的公式称为snp.quant。


参数：residuals
the residuals, that is response minus fitted values.
残差，，是响应减去拟合值。


参数：df.residuals
the residual degrees of freedom.
的剩余自由度。


参数：na.action
method used for missing data.
丢失的数据的方法。


参数：df
residual degrees of freedom.
残差自由度。


参数：sigma
residual standard error.
剩余标准差。


参数：coefficients
summarized results from fitted model, including coefficients, standard errors and p-values.
汇总结果拟合模型，包括系数，标准差和p值。


参数：formula
formula1 used in snp.quant.
formula1在snp.quant使用。


参数：LRT
likelihood ratio test comparing the model with SNP variables compared to the model without SNPs.
似然比检验比较模型相比，模型，而不单核苷酸多态性SNP变量。


参数：AIC
Akaike information criterion for the full fitted model.
赤池信息量准则的完整的拟合模型。


参数：rsquared
adjusted r-squared values for the fitted model.
调整后的R平方值的拟合模型。


参数：predicted.values
estimated marginal means for a chosen model term.
估计边际均值为所选的模型项。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

snp.quant, snp.bin
snp.quant，snp.bin


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by snp.quant[SNP.dat转换，格式化所需的snp.quant]
geno.dat <- SNP2Geno(SNP.dat, baseline=c("MM", "11", "GG", "CC"))

data(pheno.dat)
mymodel <- snp.quant(formula1=HDL~AGE+SBP+factor(SNP_1_add),
        formula2=HDL~AGE+SBP, geno=geno.dat, pheno=pheno.dat)
summary(mymodel)



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