R语言 SimHap包 prepare.cc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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prepare.cc(SimHap)
prepare.cc()所属R语言包：SimHap

                                        Prepare case-control data for inferring haplotypes
                                         准备的情况下，控制数据推断单倍型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

prepare.cc prepares case-control data when there may be missing values in the "case status" variable. This eliminates problems when using infer.haplos.cc.
prepare.cc准备的情况下，控制数据时可能会遗漏值的情况下，状态变量。这消除了使用的问题时，infer.haplos.cc。


用法----------Usage----------


prepare.cc(geno, pheno, cc.var)



参数----------Arguments----------

参数：geno
a genotype data frame where each SNP is represented by two columns, one for each allele, in the form of haplo.dat.
其中表示的两列，一个用于每个等位基因，在形式haplo.dat每个SNP的基因型数据框。


参数：pheno
a data frame containing phenotype data with at least two columns - a subject identifier and an indicator of disease status.
含有表型数据的数据框具有至少两个列 - 被摄体标识符和疾病状态的一个指标。


参数：cc.var
the column name of the parameter indicating disease status. Must be entered with quotations, e.g. “DISEASE".
表明疾病状态的参数的列名。报价，例如，必须输入“疾病”。


Details

详细信息----------Details----------

prepare.cc searches for missing values in cc.var and reduces geno and pheno to include only those individuals with known disease status. These geno and pheno objects can then be passed into infer.haplos.cc.
prepare.cc搜索遗漏值cc.var，并减少geno和pheno只包括那些个人与已知的疾病状态。这些geno和pheno对象可以被传递到infer.haplos.cc。


值----------Value----------


参数：geno
a genotype data frame where each SNP is represented by two columns, one for each allele, in the form of haplo.dat. Individuals with unknown disease status are removed.
其中表示的两列，一个用于每个等位基因，在形式haplo.dat每个SNP的基因型数据框。与未知的疾病状态的个人将被删除。


参数：pheno
a data frame containing phenotype data with at least two columns - a subject identifier and an indicator of disease status. Individuals with unknown disease status are removed.
含有表型数据的数据框具有至少两个列 - 被摄体标识符和疾病状态的一个指标。与未知的疾病状态的个人将被删除。


（作者）----------Author(s)----------


Pamela A. McCaskie



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

infer.haplos.cc
infer.haplos.cc


实例----------Examples----------



data(SNP.dat)

# convert SNP.dat to format required by infer.haplos.cc[SNP.dat转换，格式化所需的infer.haplos.cc]
haplo.dat <- SNP2Haplo(SNP.dat)
data(pheno.dat)

# not run: will return an error due to missing data in variable 'DISEASE'[不运行：将返回一个错误，由于缺少数据变量病“]
# myinfer&lt;-infer.haplos.cc(geno=haplo.dat, pheno=pheno.dat, [myinfer <infer.haplos.cc（基因型haplo.dat，苯酚= pheno.dat，]
#         cc.var="DISEASE") [cc.var =“病”）]

newdata <- prepare.cc(geno=haplo.dat, pheno=pheno.dat, cc.var="DISEASE")
newhaplo.dat <- newdata$geno
newpheno.dat <- newdata$pheno
myinfer<-infer.haplos.cc(geno=newhaplo.dat, pheno=newpheno.dat,
        cc.var="DISEASE")

# prints haplotype frequencies among cases[打印单倍型频率在病例]
myinfer$hap.freq.cases

# prints haplotype frequencies among controls[打印单体型频率在控制]
myinfer$hap.freq.controls

# generated haplo object where haplotypes with a frequency [产生单倍体对象，其中单倍型的频率]
# below min.freq are grouped as a category called "rare"[下面min.freq分为一类被称为“罕见”]
myhaplo<-make.haplo.rare(myinfer,min.freq=0.05)
mymodel <- haplo.bin(formula1=DISEASE~AGE+SBP+h.N1AA,
        formula2=DISEASE~AGE+SBP, pheno=newpheno.dat, haplo=myhaplo,
        sim=10)



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