SimCoImport(simco)
SimCoImport()所属R语言包:simco
A function to import Structure output files from either the current working directory or from a directory of choice
进口结构的输出文件的当前工作目录或从选择的目录的功能
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This program imports Structure output files and turns them into a useable dataframe for use in R. Particularly for use by the "SimCoef()" function of this package
这项计划进口结构的输出文件,并把它们变成一个可用的数据框在R."SimCoef()"这个包的功能,特别是用于
用法----------Usage----------
SimCoImport(FILES)
参数----------Arguments----------
参数:FILES
This is a list of the Structure files to be imported.
这是一个要导入的结构文件列表。
Details
详细信息----------Details----------
The list of files is easily generated by putting the files in a directory, using "setwd()" to change the working directory to that directory and then "list.files()" to get the list.<br> The best way to use this command is by first setting your working directory to one containing the sample files using "setwd()".<br> Examples of structure output files, and further help, are provided in the docs directory of the simco package (which should be in your R library folder if you have installed simco correctly.
将目录中的文件,使用"setwd()"改变工作目录到该目录,然后"list.files()"以获取列表的文件列表很容易产生。参考最好的方式来使用,这命令是,首先设置你的工作目录中包含的示例文件,使用"setwd()"。<BR>结构的输出文件的例子,并进一步帮助,提供docs目录的simco 包(这应该是R库文件夹中,如果你已经安装了simco正确。
For example:<br>
例如:<br>
setwd("/Users/orj/Documents/Simco/structurefiles")<br> myfiles<-list.files()<br> x<-SimCoImport(myfiles)<br>
setwd("/Users/orj/Documents/Simco/structurefiles")参考myfiles<-list.files()参考x<-SimCoImport(myfiles)<BR>
值----------Value----------
The output is a dataframe with columns of the confidence of assignment to a group and a run identifier (a CAPITAL letter). Rows are individual observations/samples.
其输出是一个数据框的列分配到一个组,一个的运行识别码(一个大写字母)的信心。行的个人意见/样品。
(作者)----------Author(s)----------
Owen Jones
参考文献----------References----------
Rebbeck, CA, Jones, OR, & Tsai, IJ (unpublished) SimCo: A program to automate the comparison of multiple structure runs (available from owen.jones@imperial.ac.uk)
Pritchard, J. K. et al. (2000) Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics. 155, 945-959.
参见----------See Also----------
SimCoef
SimCoef
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