R语言 simboot包 mcpHill()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mcpHill(simboot)
mcpHill()所属R语言包：simboot

                                         Multiplicity-adjusted p-values for comparing biodiversity via simultaneous inference of a user-defined selection of diversity
                                         多重调整后的p-值用于比较通过一个用户定义的选择的多样性的同时推断生物多样性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function mcpHill allows for comparing biological diversities of two or more groups. It simultaneously tests a user-defined selection of Hill numbers of orders q, which are considered appropriate and useful indices for measuring diversity (Jost 2008). As an output mcpHill gives p-values adjusted for
该函数mcpHill允许进行比较的两个或两个以上基团的生物多样性。它山号的订单Q，这被认为是适当的和有用的指标测量多样性（乔斯特2008），同时测试一个用户定义的选择。作为输出mcpHill给p-值调整


用法----------Usage----------


  = FALSE, usermat, mattype = "Dunnett", dunbase = 1, qval = seq(-1, 3),



参数----------Arguments----------

参数：dataf
        Data frame containing numerical values (e.g. species counts or relative abundances).  Rows represent repeated observations of the (two or more) groups, columns represent taxonomic units (usually species, or phyla, classes etc.).
数据框包含的数值（例如物种数或相对丰度）。行表示反复观察组（两个或更多），列代表分类单位（通常物种，或门，类等）。


参数：fact
Vector assigning (two or more) factor levels to the observations, i.e. the groups to be compared. The length of fact must equal the number of rows in dataf.
矢量分配（两个或更多）因子水平的观察，即组进行比较。事实上的长度必须等于的dataf中的行数。


参数：align
        Logical indicating whether a block alignment should be carried out. If TRUE, the blocks must be specified as a vector in block. Default is FALSE.
逻辑指示一个块是否对应应进行。如果是TRUE，块必须被指定为块中的一个向量。默认值是false。


参数：block
        Vector assigning which block an observation belongs to. Only required if align=TRUE.  The length of block must equal the number of rows in dataf.
矢量分配封锁观察。只有当align = TRUE。数据块的长度必须等于的dataf中的行数。


参数：boots
        Number of bootstrap replications. Values lower than 999 are rejected. Default is 5000.
引导复制的数量。低于999的值将被拒绝。默认值是5000。


参数：udmat
        Logical indicating whether used-defined contrasts are applied for multiple testing. If TRUE, a contrast matrix has to be specified via usermat. Default is FALSE, meaning that the contrast matrix is specified by a catchword (e.g. "Tukey", "Dunnett" etc.).
逻辑指示是否使用自定义的应用对比多个测试。如果是TRUE，对比矩阵必须通过指定USERMAT的。默认值为false，这意味着对比矩阵指定的口号（例如，“杜克”，“邓尼特”等）。


参数：usermat
Matrix specifying user-defined multiple testing contrasts. Only required if udmat=TRUE.  The row sums in the matrix must equal zero.
矩阵指定用户定义了多个测试对比。只需要如果udmat = TRUE。在矩阵中的行总和必须等于零。


参数：mattype
        Type of contrast matrix for multiple comparisons of groups. Hence only required for comparisons of more than two groups. Can be specified by the catchwords used in function contrMat (e.g. "Dunnett", "Tukey", "GrandMean", "AVE", "Williams", "Changepoint" etc.). Default is "Dunnett".
键入的对比矩阵组的多重比较。因此只需要两个以上的组进行比较。可以指定功能contrMat（例如，“Dunnett法”，“杜克”中，“GrandMean”，“AVE”，“威廉姆斯”，“的Changepoint”等）中使用的流行语。默认值是“邓尼特”。


参数：dunbase
        Integer determining the factor group (in alphanumerical order) to be considered the baseline or control and therefore only needed for Dunnett-type multiple contrasts. Default is 1.
整数确定的因素（按照字母顺序）被认为是基准或控制，因此只需要邓尼特式多对比。默认值是1。


参数：qval
        Vector containing the requested selection of q-values in order to specify the Hill numbers of orders q to be investigated. Default is seq(-1,3).
向量的要求选择的Q值，以指定q来进行调查山号的订单。默认为seq（-1,3）。


参数：opt
        "greater" performs an upper-tailed test, "less" a lower-tailed test and "two.sided" a two-tailed test. Default is "two.sided".
执行“大”，上尾测试，“少”一个较低的尾试验和“two.sided的”双尾检验。默认为“two.sided的”。


值----------Value----------

The output of mcpHill is a matrix containing the chosen selection of Hill numbers (their orders q) in the first column. The multiplicity-adjusted p-values for each hypothesis tested are in the second column.  The names of the rows denote which groups are being
输出mcpHill希尔号码中包含所选择的选择（他们的订单q）的第一列中的一个矩阵。测试每个假设的多重调整的p值是在第二列中。行的名称表示组


（作者）----------Author(s)----------


Philip Pallmann



参考文献----------References----------

differentiation. Molecular Ecology, 17, 4015-4026.
testing: examples and methods for p-value adjustment. New York: Wiley.

实例----------Examples----------


### Multiple testing with user-defined contrasts after block alignment[＃＃多块对齐后，用户定义的对比测试]

data(predatGM)

mymat <- rbind( "GM - S1" = c(1,-1,0,0), "GM - S2" = c(1,0,-1,0), "GM -
  S3" = c(1,0,0,-1), "S1 - S2" = c(0,1,-1,0), "S1 - S3" = c(0,1,0,-1) )

# example runs with only 100 bootstrap steps. For estimation use 2000 or more.[例如运行的只有100引导步骤。估计使用2000以上。]
mcpHill(dataf=predatGM[,3:35], fact=predatGM[,2], align=TRUE,
block=predatGM[,1], boots=100, udmat=TRUE, usermat=mymat, qval=seq(-1,
3, by=0.5))

# with Dunnett-type contrast matrix[用Dunnett法型的对比矩阵]
mcpHill(dataf=predatGM[,3:35], fact=predatGM[,2], align=TRUE,
block=predatGM[,1], boots=100, udmat=FALSE, mattype = "Dunnett", qval=seq(-1,
3, by=0.5))


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