R语言 SigWinR包 Ridges()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Ridges(SigWinR)
Ridges()所属R语言包：SigWinR

                                        Calculate Ridges
                                         计算脊

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Use SigWin to calculate rigdges given a certain set of window sizes.
您可以使用SigWin计算rigdges给定的一组特定的窗口尺寸。


用法----------Usage----------


Ridges(s, window.size, pos=NULL,pval = 0.05, antiRidge = FALSE,
    adjust.method = "BH", min.sup = length(window.size),resolution=400)



参数----------Arguments----------

参数：s
input sequence
输入序列


参数：window.size
vector of window sizes (only odd windowsizes are considered)  
向量的窗口尺寸（仅奇数windowsizes被认为是）


参数：pos
position of samples in input sequence
在输入序列中的样本的位置


参数：pval
p-value   
p-值


参数：antiRidge
Look for anti ridges
寻找反垄


参数：adjust.method
Multiple testing adjustment  
多次测试调整


参数：min.sup
The minimum number of window.sizes which have to find a ridge for a certain point to consider it a ridge
必须找到一个脊某一点的最小数量的window.sizes考虑脊


参数：resolution
Resolution of the ridge calculation (for localized SigWin only)
分辨率的脊计算（只供本地化SigWin）


值----------Value----------

A data frame is returned containing a row for each found ridge and  the start and end positions in the columns
返回一个数据框包含为每个发现的脊和列中的起始和结束位置的行


（作者）----------Author(s)----------


w.c.deLeeuw@uva.nl



参见----------See Also----------

SigWin,Ridgeogram
SigWin，Ridgeogram


实例----------Examples----------


        lseq <- c(rnorm(200),rnorm(100,-1),rnorm(50),
                rnorm(50,4.0),rnorm(100))
        rp <- Ridges(lseq,seq(45,65,by=2))
        np <- Ridges(lseq,seq(45,65,by=2),antiRidge=TRUE)
        RidgePlot(list(rp,np),lseq,labels=c("ridges","anti-ridges"),
           col=c("#88FF88","#FF8888"))[88FF88“，”＃FF8888“））]

        lseq <- c(rnorm(100),rnorm(100,3),rnorm(300),
                rnorm(100,-3),rnorm(200),rnorm(50,4.0),rnorm(100))
        rg <- Ridgeogram(lseq)
        #find 5 window sizes in which lowest p-value occur[找到5个窗口的大小，其中最低的p值发生]
        win.neg <- 1+2*order(apply(log(rg$low),2,min))[1:5]
        win.pos <- 1+2*order(apply(log(rg$high),2,min))[1:5]
        rp <- Ridges(lseq,win.pos,pval=0.01)
        rn <- Ridges(lseq,win.neg,antiRidge=TRUE,pval=0.01);
        RidgePlot(list(rp,rn),lseq,ptitle="Most significant ridges",
                labels=c("ridges","anti-ridges"),col=c("#CCFFCC","#FFCCCC"))[CCFFCC“，”＃FFCCCC“））]



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。