R语言 sigora包 create_bg()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

create_bg(sigora)
create_bg()所属R语言包：sigora

                                         Create a background set from a comma separated Ensembl BioMart mapping file
                                         创建一个背景设置从一个逗号分隔的Ensembl人类BioMart映射文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function determines which external IDs (e.g. microarray probe IDs) can be uniquely mapped to ENSEMBL IDs and returns the SIGORA IDs of such identifiers.  In order to use sigs_background, you need to specify a vector containg the list of assayed genes as SIGORA IDs. A convenient way for creation of such a vector is to download a comma separated (.csv) file from  Ensembl BioMart (http://www.ensembl.org/biomart/martview) that maps human ENSEMBL Gene IDs to  microarray probe IDs. You would then run create_bg on the downloaded file.
此功能确定外部ID（例如芯片探针的ID）唯一映射到ENSEMBL的ID和返回SIGORA的ID，这样的标识符。为了使用sigs_background，你需要指定一个向量containg检测的基因的SIGORA的ID列表。这样的向量创造一个方便的方法是下载一个逗号分隔（CSV）文件映射人类的ENSEMBL基因身份证Ensembl人类BioMart（http://www.ensembl.org/biomart/martview）芯片探针的ID。然后，您可以运行create_bg下载的文件。


用法----------Usage----------


create_bg(filename)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The name of the mapping file. This should be a comma separated (.csv) file (e.g. from BioMart) where the first column contains the human/mouse ENSEMBL Gene IDs and the second column contains the mapped probe IDs.  
映射文件的名称。这应该是一个逗号分隔（CSV）文件（例如从BioMart）的第一列包含人/鼠ENSEMBL的基因ID和第二列包含对应的探针标识。


参见----------See Also----------

sigs_background
sigs_background


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
## Assuming your data came from an Affymetrix HGu133B chip and you have[＃假设你的数据来自一个Affymetrix HGu133B芯片，你有]
## downloaded the probe ID mappings to a file called ENS_hgu133b_Chip_uniq.txt: [＃下载，探针ID映射到称为ENS_hgu133b_Chip_uniq.txt的文件：]
hgu133b_bg<-create_bg('ENS_hgu133b_Chip_uniq.txt')
## now you can run sigs_background with the background [＃现在你可以运行sigs_background的背景]
##(bg-genes argument) set to hgu133b_bg.[＃（BG基因参数）设置到hgu133b_bg。]

## End(Not run)[＃（不执行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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