R语言 seqinr包 plotladder()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotladder(seqinr)
plotladder()所属R语言包：seqinr

                                        Simple plot of an allelic ladder from ABIF data
                                         图简单的等位基因阶梯ABIF数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simple representation of an observed allelic ladder.
简单的表现形式所观察到的等位基因阶梯。


用法----------Usage----------


plotladder(abifdata, chanel, calibr, allele.names = "identifiler", npeak = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：abifdata
the result returned by read.abif
返回的结果由read.abif


参数：chanel
the dye number
染料号


参数：calibr
a mandatory calibration function to convert time into bp
强制性的校准功能，转换时间到BP


参数：allele.names
name of the dataset which contains allele names as in link{identifiler}
名称的数据集，其中包含等位基因的名字link{identifiler}


参数：npeak
expected number of peaks, deduced from allele.names by default
预计数峰，默认情况下，推导出allele.names


参数：...
arguments forwarded to peakabif
参数转发到peakabif


值----------Value----------

Returns invisibly the location of peaks in bp.
返回看不见的BP峰的位置。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

function read.abif to import files in ABIF format,  plotabif to plot them, data gs500liz for internal size standards, data identifiler for allele names in the allelic ladder, data JLO for an example of an individual sample file, data ECH for an example of an allelic lader.
函数read.abif导入文件中ABIF格式，plotabif的绘制他们的数据gs500liz内部尺寸标准，数据identifiler的等位基因阶梯等位基因的名字，数据 X>为单个样品文件的一个例子，数据JLO的等位基因雷德的一个例子。


实例----------Examples----------


  #[]
  # load an example of allelic ladder results from an ABIF (*.fsa) file:[等位基因Ladder结果从一个ABIF的（*。FSA）文件加载一个例子：]
  #[]
data(ECH)
  #[]
  # Extract from internal size standard chanel number 5 the location [从内部尺寸标准的香奈儿5号的位置摘录]
  # of 14 peaks:[14座山峰：]
  #[]
ECH.maxis <- peakabif(ECH, 5, npeak = 14, tmin = 2.7, thres = 0.1, fig = FALSE)$maxis
  #[]
  # Load data about the expected size of peaks in bp for calibration:[加载数据的预期大小的碱基对的峰进行校准：]
  #[]
data(gs500liz)
lizbp &lt;- gs500liz$liz # All peaks size in bp[所有的峰大小的碱基对]
lizbp[!gs500liz$mask1 | !gs500liz$mask2] &lt;- NA # Mark useless peaks[马克无用峰]
lizbp &lt;- lizbp[-c(1,2)] # The first two peaks are not extracted from ECH[没有从ECH萃取，第一两个峰]
ECH.calibr <- splinefun(ECH.maxis[!is.na(lizbp)], lizbp[!is.na(lizbp)])
  #[]
  # Show the allelic ladder for the 4 dyes:[显示的等位基因阶梯的染料：]
  #[]
plotladder(ECH, 1, ECH.calibr, tmin = 3.1, thres = 0.3, fig = FALSE)
plotladder(ECH, 2, ECH.calibr, tmin = 3.1, thres = 0.35, fig = FALSE)
plotladder(ECH, 3, ECH.calibr, tmin = 3.1, thres = 0.2, fig = FALSE)
plotladder(ECH, 4, ECH.calibr, tmin = 3.1, thres = 0.2, fig = FALSE)

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