R语言 seqinr包 computePI()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computePI(seqinr)
computePI()所属R语言包：seqinr

                                        To Compute the Theoretical Isoelectric Point
                                         要计算理论等电点

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the theoretical isoelectric point of a protein. Isoelectric point is the pH at which the protein has a neutral charge. This estimate does not account for the post-translational modifications.
此函数计算理论的一种蛋白质的等电点。等电点的pH值是在其中的蛋白质具有中性电荷。这一估计没有考虑到翻译后修饰。


用法----------Usage----------


computePI(seq)



参数----------Arguments----------

参数：seq
Protein sequence as a vector of single chars in upper case
作为向量的单字符大写的蛋白质序列


值----------Value----------

The theoretical isoelectric point (pI) as a numerical vector of length one.
的理论等电点（pI）为长度为1的数值矢量。


注意----------Note----------

Protein pI is calculated using pK values of amino acids described in  Bjellqvist et al. See also SEQINR.UTIL for more details.
蛋白质的等电点计算PK值描述的氨基酸在Bjellqvist等。 SEQINR.UTIL更多的细节。


（作者）----------Author(s)----------


D. Charif  and J.R. Lobry



参考文献----------References----------

http://www.expasy.org/tools/pi_tool-doc.html but with many trials in case of convergence failure of the non-linear regression procedure. <code>citation("seqinr")</code>

参见----------See Also----------

SEQINR.UTIL
SEQINR.UTIL


实例----------Examples----------


#[]
# Simple sanity check with all 20 amino-acids in one-letter code alphabetical order:[简单的例行性检查与所有20个氨基酸的单字母代码按字母顺序排列：]
#[]
prot <- s2c("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")
stopifnot(all.equal(computePI(prot), 6.78454))
#[]
# Read a protein sequence in a FASTA file and then compute its pI :[阅读一个FASTA文件中的蛋白质序列，然后计算其等电点：]
#[]
myProts <- read.fasta(file = system.file("sequences/seqAA.fasta", package = "seqinr"), seqtype = "AA")
computePI(myProts[[1]]) # Should be 8.534902[应该是8.534902]

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