R语言 seqinr包 bma()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bma(seqinr)
bma()所属R语言包：seqinr

                                        Computing an IUPAC nucleotide symbol
                                         计算IUPAC核苷酸符号

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function returns the IUPAC symbol for a nucleotide sequence, for instance c("c", "c", "g") is coded by "s".
这个函数返回IUPAC的核苷酸序列的符号，例如c("c", "c", "g")编码"s"。


用法----------Usage----------


bma(nucl, warn.non.IUPAC = TRUE, type = c("DNA", "RNA"))



参数----------Arguments----------

参数：nucl
a nucleotide sequence as a vector of single chars
作为向量的单个字符的核苷酸序列


参数：warn.non.IUPAC
if TRUE warns when no IUPAC symbol is possible
如果为true时发出警告没有IUPAC符号是可能的


参数：type
whether this is a DNA or a RNA sequence
这是否是一个DNA或RNA序列


Details

详细信息----------Details----------

The sequence is forced in lower case letters and ambiguous bases are expanded before trying to find an IUPAC symbol.
被迫在小写字母的顺序和暧昧的碱基，然后再尝试找到一个IUPAC符号扩展。


值----------Value----------

A single IUPAC symbol in lower case, or NA when this is not possible.
较低的情况下，或NA时，这是不可能的一个单一的IUPAC符号。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------

at: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/misc/naseq.html


参见----------See Also----------

See amb for the reverse operation.  Use toupper to change lower case letters into
见amb反向操作。使用toupper改变小写字母


实例----------Examples----------



stopifnot(bma(s2c("atatattttata")) == "w")
stopifnot(bma(s2c("gcggcgcgcggc")) == "s")
stopifnot(bma(s2c("ACGT")) == "n")
stopifnot(is.na(bma(s2c("atatttt---tatat")))) # a warning is issued[发出警告]

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