R语言 affy包 bg.correct()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bg.correct(affy)
bg.correct()所属R语言包：affy

                                        Background Correction
                                         背景校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Background corrects probe intensities in an object of class AffyBatch.
背景校正探针在一个对象类AffyBatch强度。


用法----------Usage----------


bg.correct(object, method, ...)

bg.correct.rma(object,...)
bg.correct.mas(object, griddim)
bg.correct.none(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch.
对象类AffyBatch。


参数：method
A character that defines what background correction method will be used. Available methods are given by bg.correct.methods.
一个character定义将使用背景校正方法。可用的方法是由bg.correct.methods。


参数：griddim
grid dimension used for mas background estimate. The array is divided into griddim equal parts. Default is 16.
网格的尺寸用于MAS背景估计。阵列分为griddim等份。默认值为16。


参数：...
arguments to pass along to the engine function.
参数传递给发动机功能。


Details

详情----------Details----------

The name of the method to apply must be double-quoted. Methods provided with the package are currently:
应用该方法的名称必须是双引号。目前包提供的方法是：

bg.correct.none: returns object unchanged.
bg.correct.none：回报object不变。

bg.correct.chipwide: noise correction as described in a "white paper" from Affymetrix.
bg.correct.chipwide：从Affymetrix公司的“白皮书”中所述的噪音校正。

bg.correct.rma: the model based correction used by the RMA expression measure.
bg.correct.rma：RMA表达措施的基于模型的校正。

They are listed in the variable bg.correct.methods. The user must supply the word after "bg.correct", i.e none, subtractmm, rma, etc...
他们中列出的变量bg.correct.methods。用户必须提供后“bg.correct”字，即没有subtractmm，RMA等......

More details are available in the vignette.
更多细节可在暗角。

R implementations similar in function to the internal implementation used by bg.correct.rma are in bg.adjust.
ř实现在函数内部执行bg.correct.rma使用类似bg.adjust的。


值----------Value----------

An AffyBatch for which the intensities have been background adjusted. For some methods (RMA), only PMs are corrected and the MMs remain the same.
一个AffyBatch为背景的强度已调整。 （RMA）的一些方法，只有项目经理纠正和MMS保持不变。


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  ##bgc will be the bg corrected version of Dilution[＃BGC将BG纠正稀释的版本]
  bgc <- bg.correct(Dilution, method="rma")

  ##This plot shows the tranformation[＃此图显示了穿越 - ]
  plot(pm(Dilution)[,1],pm(bgc)[,1],log="xy",
  main="PMs before and after background correction")
}

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