R语言 AffyTiling包 TilingCelFiles2Probesets()函数中文帮助文档(中英文对照)

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TilingCelFiles2Probesets(AffyTiling)
TilingCelFiles2Probesets()所属R语言包：AffyTiling

                                         Background correction and RNA normalization for CEL files from an Affymetrix tiling array.
                                         Affymetrix公司贴砖阵列CEL文件的背景校正和RNA标准化。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

TilingCelFiles2Probesets extracts intensity data from a group of CEL files and returns annotated intensities using information from a BPMAP file. Options can be set to limit the analysis to certain genomic features or regions of interest,thus requiring less memory and computing time.
TilingCelFiles2Probesets提取一组CEL文件并返回使用从BPMAP文件的信息注释强度强度数据。选项可以设置某些基因的功能或区域的利益，因此需要较少的内存和计算时间限制的分析。

Returns a matrix, where rows represent probe sets and columns represent the following:   –Unique probeset ID ("chromosome-first probe START position-last probe END position") &ndashrobe start position (in genomic coordinates) –Chromosome –Average normalized intensity for sample 1 –Average normalized intensity for sample 2 ... –Average normalized intensity for sample N
返回一个矩阵，行表示探针组和列表示如下：的独特probeset ID（“第一号染色体的探针起始位置，最后探针末端的位置”）探针起始位置（在基因组坐标）染色体NDASH 1;样品的平均归一化强度平均归强度样品2 ...平均归强度采样N

Note that unlike AnalyzeTilingCelFiles, this function reports only 1 average value for all probes in each interval.
请注意，此功能不像AnalyzeTilingCelFiles，报告在每个区间的所有探针的平均价值只有1。


用法----------Usage----------


TilingCelFiles2Probesets(CEL_filenames, BPMAP_filename, outfilename=NULL, iID=NULL, iCHR, iSTART, iEND, IgnoreBpmapCelPlatformMismatch=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：CEL_filenames
A character vector of the path to all CEL file(s) in the analysis.  
所有CEL的文件（S）在分析路径的一个特征向量。


参数：BPMAP_filename
The path to the BPMAP file which describes the arrays specified in the cel files.  
的BPMAP文件的路径，它描述了在CEL文件中指定的阵列。


参数：outfilename
If specified, the function writes a tab-separated table of normalized intensities.  
如果指定了函数写入制表符分隔的表的规范化强度。


参数：iID
Vector of IDs for each interval specified.  If NULL (default) creates a unique ID for each interval of the form: "CHR-START-END".  
矢量标识为每个指定的时间间隔。如果为NULL（默认）为每间隔的形式创建一个唯一的ID：“人权的起点，终点”。


参数：iCHR
Vector of chromosomes for each interval.  
每个区间的染色体向量。


参数：iSTART
Integer vector of the interval start.  
间隔开始的整数向量。


参数：iEND
Integer vector of the interval end.  
间隔结束的整数向量。


参数：IgnoreBpmapCelPlatformMismatch
If TRUE, ignores a mismatch between BPMAP and CEL platforms. (EXPERT ONLY!)  
如果是TRUE，忽略了BPMAP和CEL平台之间的不匹配。 （仅限高手！）


作者（S）----------Author(s)----------


Charles Danko



举例----------Examples----------


## Note that executing the following example requires .bpmap and .cel files in the working directory.[＃注意，需要执行下面的例子。bpmap。CEL文件在工作目录。]
## If these files do not, the program will not execute.[＃如果这些文件不这样做，程序将不会执行。]

## Creates a sample interval of the first 1MB of chromosome 1-3.[＃创建一个染色体1-3第一1MB的采样间隔。]
## This function will return a single value for each interval.[＃这个函数将返回为每个区间的单个值。]
iCHR <- c("chr1", "chr2", "chr3")
iSTART <- rep(1, 3)
iEND <- iSTART + 1e+06

## Get the file names in the current working directory.[＃获取当前的工作目录中的文件名。]
CEL_NAMES <- dir(pattern=".CEL|.cel");
BPMAP     <- dir(pattern=".bpmap");

## If files are found in the current working directory ... start the analysis!![＃如果文件被发现在当前工作目录...开始分析！]
if( (NROW(CEL_NAMES) > 0) &amp; (NROW(BPMAP) > 0) ) {
  TilingCelFiles2Probesets(CEL_NAMES, BPMAP, outfilename="NormalizedData.tsv", iID=NULL, iCHR=iCHR, iSTART=iSTART, iEND=iEND);
}

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