R语言 SpeCond包 writeGeneResult()函数中文帮助文档(中英文对照)

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writeGeneResult(SpeCond)
writeGeneResult()所属R语言包：SpeCond

                                        Write a condition-specific analysis result text file
                                         写一个特定条件的分析结果的文本文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

writeGeneResult produces a text file containing the list of gene, if they have been detected as tissue-specific or not (S/N), for how many tissues in total, how many tissue as up-regulated, how many tissue as down-regulated, in which tissues for up-regulated and down-regulated.
writeGeneResult产生一个文本文件中包含的基因列表，如果他们被发现特定组织或不（的S / N），共有多少组织，组织上调多少，有多少组织为下调，在该组织上调和下调。


用法----------Usage----------


writeGeneResult(L.specific.result, file.name.result.gene =
"gene_summary_result.txt", gene.names = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：L.specific.result
the L.specific.result list of the included in the result of the main SpeCond function: generalResult$specificResult$L.specific.result
L.specific.result名单在主要SpeCond函数的结果包括：generalResult $ specificResult美元L.specific.result


参数：file.name.result.gene
the name of the produced file containing the list of specific genes an thier specific detection
产生的文件的名称包含一个他们的具体检测特定基因的列表


参数：gene.names
vector of gene's names to select a suset of genes. The default is NULL, all genes from the input matrix in SpeCond function are used
选择suset的基因向量基因的名称。默认值为NULL，SpeCond函数的输入矩阵的所有基因


作者（S）----------Author(s)----------


Florence Cavalli, florence@ebi.ac.uk



参见----------See Also----------

SpeCond,getProfile,writeSpeCondResult,writeUniqueProfileSpecificResult
SpeCond，getProfile，writeSpeCondResult，writeUniqueProfileSpecificResult


举例----------Examples----------


library(SpeCond)
data(expressionSpeCondExample)
##Perform the condition specific detection analysis with SpeCond()[＃执行的具体检测分析与SpeCond条件（）]
generalResult=SpeCond(expressionSpeCondExample,
  param.detection=NULL, multitest.correction.method="BY", prefix.file="E",
  print.hist.pv=TRUE, fit1=NULL, fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL)
specificResult=generalResult$specificResult

##write the result file[＃写的结果文件。]
writeGeneResult(specificResult$L.specific.result, file.name.result.gene=
  "Example_gene_summary_result.txt", gene.names=
   rownames(expressionSpeCondExample)[1:10])

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