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MassArray.example.data(MassArray)
MassArray.example.data()所属R语言包：MassArray

                                         MassArray Data object
                                         MassArray数据对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This data contains MassArray spectral information for two samples.
此数据包含两个样本MassArray光谱信息。


用法----------Usage----------


MassArray.example.data



格式----------Format----------

The format is: Formal class 'MassArrayData' [package "MassArray"] with 17 slots ..@ sequence : chr "CCAGGTCCAAAGGTTCAGACCAGTCTGAACCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCCTACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGATCCCAGCAACTTCGGGGCATGTGTGTAACT"| __truncated__ ..@ chr      : chr(0)  ..@ start    : int(0)  ..@ end      : int(0)  ..@ strand   : chr "+" ..@ fwd.tag  : chr "AGGAAGAGAG" ..@ rev.tag  : chr "AGCCTTCTCCC" ..@ fwd.primer       : num 29 ..@ rev.primer       : num 27 ..@ lower.threshold  : num 1500 ..@ upper.threshold  : num 9000 ..@ fragments.T      ist of 89 .. ..$ :Formal class 'MassArrayFragment' [package "MassArray"] with 21 slots .. .. .. ..@ ID         : int 1 .. .. .. ..@ assay.name : chr "" .. .. .. ..@ name       : chr "" .. .. .. ..@ sequence   : chr "GGGAGAAGGCT" .. .. .. ..@ position   : int 385 .. .. .. ..@ length     : int 11 .. .. .. ..@ CpGs       : int 0 .. .. .. ..@ MW         : num 3913 .. .. .. ..@ collisions : int 0 .. .. .. ..@ collision.IDs      ist of 1 .. .. .. .. ..$ : int(0)  .. .. .. ..@ CG.collisions      : int 0 .. .. .. ..@ CG.collision.IDs   : list() .. .. .. ..@ type       : chr "T" .. .. .. ..@ direction  : chr "+" .. .. .. ..@ extra      : chr "5PPP-3P" .. .. .. ..@ bisulfite.converted: logi TRUE .. .. .. ..@ assayable  : logi TRUE .. .. .. ..@ conversion.control : logi FALSE .. .. .. ..@ required   : logi FALSE .. .. .. ..@ ignored    : logi FALSE .. .. .. ..@ primer     : logi TRUE ..@ samples  ist of 2 .. ..$ :Formal class 'MassArraySpectrum' [package "MassArray"] with 9 slots .. .. .. ..@ sample     : chr "A" .. .. .. ..@ rxn        : chr "T" .. .. .. ..@ strand     : chr "+" .. .. .. ..@ peaks      ist of 184 .. .. .. .. ..$ :Formal class 'MassArrayPeak' [package "MassArray"] with 16 slots .. .. .. .. .. .. ..@ ID      : int 1 .. .. .. .. .. .. ..@ MW.theoretical  : num 1111 .. .. .. .. .. .. ..@ MW.actual       : num NA .. .. .. .. .. .. ..@ probability     : num 0 .. .. .. .. .. .. ..@ SNR     : num 0 .. .. .. .. .. .. ..@ height  : num NA .. .. .. .. .. .. ..@ sample.intensity: num NA .. .. .. .. .. .. ..@ ref.intensity   : num 0.1 .. .. .. .. .. .. ..@ sequence        : chr "ACACAAT" .. .. .. .. .. .. ..@ adduct  : chr "" .. .. .. .. .. .. ..@ type    : chr "Modified" .. .. .. .. .. .. ..@ charge  : int 1 .. .. .. .. .. .. ..@ collisions      : int 0 .. .. .. .. .. .. ..@ components      : int 0 .. .. .. .. .. .. ..@ missing : logi TRUE .. .. .. .. .. .. ..@ new     : logi FALSE .. .. .. ..@ quality.conversion : num [1:4] 0.0529 0 0 0 .. .. .. ..@ quality.spectra    : num NA .. .. .. ..@ quality.primerdimer: num [1:7] 8.51 15.83 3.28 1.04 0 ... .. .. .. ..@ quality.contaminant: num NA .. .. .. ..@ quality.adducts    : num [1:114] 1 1 0.97 0.231 0.412 ... ..@ groups   : chr(0)  ..@ CpG.data : num [1:2, 1:18] 0.0322 0.0449 0.1468 0.3641 0.1468 ... ..@ CpG.data.combined: num [1:2, 1:18] 0.0322 0.0449 0.1468 0.3641 0.1468 ...
格式是：MassArrayData正式类的“一揽子”MassArray“] 17槽.. @序列：CHR __truncated__ .. @ CHR CHR（0）.. @开始：INT（0）.. @结束：INT（0）.. @股：CHR +“...... @ fwd.tag：CHR”AGGAAGAGAG“ .. @ rev.tag：CHR“AGCCTTCTCCC”...... @ fwd.primer：民29 .. @ rev.primer：民27 .. @ lower.threshold：NUM 1500 .. @ upper.threshold：NUM 9000 @ fragments.T：89 .. .. $：正式类的MassArrayFragment“[包的”MassArray“] 21插槽...... .. .. .. @编号：1。 .. .. .. @ assay.name：CHR“...... .. .. .. @名称：CHR“...... .. .. .. @序列：CHR“GGGAGAAGGCT”...... .. .. .. @位置：INT 385 .. .. .. .. @长度：INT 11 .. .. .. .. @的CPGs：INT 0 .. .. .. .. @分子量：NUM 3913 ...... .. .. .. @碰撞：INT 0 ...... .. .. .. @ collision.IDs的：1 .. .. .. .. .. $：INT（0）.. .. .. .. @ CG.collisions的：INT 0 ...... .. .. .. @ CG.collision.IDs的：列表（）.. .. .. ..类型：字符“T”型...... .. .. .. @方向：CHR“”...... .. .. .. @额外：CHR的“5PPP-3P”...... .. .. .. @ bisulfite.converted的：LOGI真.. .. .. .. @ assayable的：LOGI真.. .. .. .. @ conversion.control：LOGI假.. .. .. .. @要求：LOGI假.. .. .. .. @忽略：LOGI假.. .. .. .. @底漆：LOGI真.. @样本：2 .. .. $：正式类MassArraySpectrum包的“MassArray”] 9槽...... .. .. .. @样本：CHR的“A”...... .. .. .. @ RXN：CHR的“T”...... .. .. .. @股：字符“+”...... .. .. .. @峰：184 .. .. .. .. .. $：MassArrayPeak正式类的“一揽子”MassArray“] 16槽...... .. .. .. .. .. .. @编号：1。 .. .. .. .. .. .. @ MW.theoretical：NUM 1111 ...... .. .. .. .. .. .. @ MW.actual的：民无.. .. .. .. .. .. .. @概率：0 NUM .. .. .. .. .. .. ..信噪比：NUM 0 ...... .. .. .. .. .. .. @高度：不适用民.. .. .. .. .. .. .. @ sample.intensity：不适用民.. .. .. .. .. .. .. @ ref.intensity：NUM 0.1 .. .. .. .. .. .. .. @序列：CHR“ACACAAT”...... .. .. .. .. .. .. @加合物：CHR“...... .. .. .. .. .. ..类型：CHR“修改”...... .. .. .. .. .. .. @费：INT 1 .. .. .. .. .. .. .. @碰撞：INT 0 ...... .. .. .. .. .. .. @组件：INT 0 .. .. .. .. .. .. .. @失踪：LOGI真...... .. .. .. .. .. .. @新：LOGI假...... .. .. .. @ quality.conversion：NUM [1:4] 0.0529 0 0 0 ...... .. .. .. @ quality.spectra：不适用民.. .. .. .. @ quality.primerdimer：NUM [1:7] 8.51 15.83 3.28 1.04 0 ... .. .. .. .. @ quality.contaminant：民无.. .. .. .. @ quality.adducts：NUM [1:114] 1 1 0.97 0.231 0.412 ... .. @组：CHR（0）.. @ CpG.data：NUM 1:2，1:18] 0.0322 0.0449 0.1468 0.3641 0.1468 ... .. @ CpG.data.combined：NUM 1:2，1:18] 0.0322 0.0449 0.1468 0.3641 0.1468 ...


源----------Source----------

Thompson et al. 2009
汤普森等人。 2009


举例----------Examples----------


data(MassArray.example.data)

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注：
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