R语言 GGtools包 genewiseFDRtab()函数中文帮助文档(中英文对照)

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genewiseFDRtab(GGtools)
genewiseFDRtab()所属R语言包：GGtools

                                         encapsulates testing, permutation and thresholding using permutation distribution to obtain plug-in estimates of FDR at various thresholds
                                         封装测试，置换和使用阈值的排列分布，获得FDR估计，在不同的阈值在插件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

encapsulates testing, permutation and thresholding using permutation distribution to obtain plug-in estimates of FDR at various thresholds
封装测试，置换和使用阈值的排列分布，获得FDR估计，在不同的阈值在插件


用法----------Usage----------


genewiseFDRtab(sms, rhs, nperm = 1, seed = 1234,
        targp = c(0.95, 0.975, 0.99, 0.995),
        folderstem = "fdrf", geneApply = lapply, gene2snpList=NULL)
policywiseFDRtab(sms, rhs, nperm = 1, seed = 1234,
        targp = c(0.95, 0.975, 0.99, 0.995),
        folderstem = "fdrf", geneApply = lapply,
          policyClo=function(mgr) function(x)topFeats(probeId(x),
             mgr=mgr, ffind=1, n=1))



参数----------Arguments----------

参数：sms
instance of smlSet-class  
实例smlSet-class


参数：rhs
formula fragment from tilde; names resolved in pData(sms)  
公式片段从波浪线;名pData(sms)解决


参数：nperm
number of permutations to evaluate  
评估的排列数


参数：seed
set.seed will be run prior to first permutation  
set.seed将运行之前，首先置换


参数：targp
percentiles/100 of permutation distribution to be used as thresholds; not fully integrated into report extraction code as of 10/10/2011, so it is not advised to manipulate this  
percentiles/100作为阈值的排列分布，不能充分融入报告，截至2011年10月10日提取代码，所以它是不建议操作


参数：folderstem
name of folder created will start with this string; 'p' will be prepended for permutation folders  
创建的文件夹的名称将开始与此字符串;将置换文件夹前面的“P”


参数：geneApply
iteration (apply-like) function to be used to iterate over genes  
迭代（适用于喜欢）功能，可用于遍历基因


参数：gene2snpList
list with genes as organizing element, specifying for each gene which SNP will be retained for testing summaries.  can be created by the proximityList function  
列出组织元素的基因，每个基因的SNP将保留测试总结指定。 proximityList函数可以创建


参数：policyClo
function accepting an eqtlTests manager, returning function of argument x that will implement a policy of filtering scores for use in identifying genetic elements that are associated with expression
正常接受eqtlTests经理，返回参数x的功能，将实施一项政策使用筛选确定与表达相关的遗传因素分数


Details

详情----------Details----------

policyFDRtab should achieve greater flexibility at the call, allowing selection policies to be defined over SNP.
policyFDRtab应该在呼吁实现更大的灵活性，允许选择的政策要通过SNP的定义。


举例----------Examples----------


data(smlSet.example)
applier = lapply
if ("multicore" %in% installed.packages()[,1] & .Platform$OS.type != "windows") {
library(multicore)
applier = mclapply
}
td = tempdir()
curd = getwd()
setwd(td)
#  this is a poor example but will flag any major faults[这是一个恶劣的例子，但将标记任何重大故障]
f1 = genewiseFDRtab( smlSet.example[1:30,] , ~male, geneApply=applier )
f1
setwd(curd)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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