R语言 flagme包 peaksAlignment-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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peaksAlignment-class(flagme)
peaksAlignment-class()所属R语言包：flagme

                                        Data Structure for pairwise alignment of 2 GCMS samples
                                         2 GCMS样本成对排列的数据结构

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Store the raw data and optionally, information regarding signal peaks for a number of GCMS runs
存储的原始数据，并有选择地，有关信号峰值为GCMS运行数


用法----------Usage----------


peaksAlignment(d1,d2,t1,t2,gap=.5,D=1000,timedf=NULL,df=30,verbose=TRUE,usePeaks=TRUE,compress=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：d1
matrix of MS intensities for 1st sample (if doing a peak alignment, this contains peak apexes/areas; if doing a profile alignment, this contains scan intensities.  Rows are m/z bins, columns are peaks/scans.
矩阵第一样本（如果做高峰对齐，这包含了高峰的顶点/区域的MS强度;如果做一个轮廓对齐，这包含扫描强度。米/ž箱的行，列峰/扫描。


参数：d2
matrix of MS intensities for 2nd sample
第二样本的质谱强度矩阵


参数：t1
vector of retention times for 1st sample
第一样品保留时间的向量


参数：t2
vector of retention times for 2nd sample
第二个样品的保留时间的向量


参数：gap
gap penalty for dynamic programming algorithm
动态规划算法的差距罚款


参数：D
time penalty (on same scale as retention time differences, t1 and t2)
罚款（同等规模的保留时间的差异，t1和t2）


参数：timedf
list (length = the number of pairwise alignments) of matrices giving the expected time differences expected at each pair of peaks (used with usePeaks=TRUE.
列表（长度=成对路线）给予预期的时间预计在每对峰（以usePeaks差异矩阵=TRUE。


参数：df
integer, how far from the diagonal to go to calculate the similarity of peaks.  Smaller value should run faster, but be careful not to choose too low.
整数，如何远从对角线去计算峰的相似性。较小的值应该跑得更快，但要小心不要选择太低。


参数：verbose
logical, whether to print out info.
逻辑，是否要打印出来的信息。


参数：usePeaks
logical, TRUE uses peakdata list, FALSE uses rawdata list for computing similarity.
逻辑，TRUE使用peakdata列表，FALSE使用rawdata列表计算相似。


参数：compress
logical, whether to compress the similarity matrix into a sparse format.
逻辑，是否压缩到一个稀疏的格式相似矩阵。


Details

详情----------Details----------

peaksAlignment is a hold-all data structure of the raw and peak detection data.
peaksAlignment是保持所有原料和峰值检测数据的数据结构。


值----------Value----------

peaksAlignment object
peaksAlignment对象


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

peaksDataset, clusterAlignment
peaksDataset，clusterAlignment


举例----------Examples----------



# see clusterAlignment, it calls peaksAlignment[见clusterAlignment，呼吁peaksAlignment]


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