R语言 ddCt包 ddCtExpression-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ddCtExpression-methods(ddCt)
ddCtExpression-methods()所属R语言包：ddCt

                                        Apply the ddCt algorithm for a given data set
                                         对于一个给定的数据集的应用DDCT算法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Apply the ddCt algorithm for a given data set
对于一个给定的数据集的应用DDCT算法


参数----------Arguments----------

参数：object
SDMFrame Data object which holds a data set containing columns with the following names: 'Ct','Sample','Detector','Platename'. The column 'Ct' must contain numeric values.
SDMFrame数据对象持有的数据载列具有以下名称的设置：CT，样品，探测器，Platename“。列CT必须包含数值。


参数：algorithm
character. Name of the calibration samples.
字符。校准样品的名称。


参数：warningStream
character of length 1. The name of the file the warnings should be stored in.
字符长度为1。名称应存储的文件警告


参数：calibrationSample
character. Name of the calibration samples.
字符。校准样品的名称。


参数：housekeepingGenes
character. Name of the housekeeping genes.
字符。看家基因的名称。


参数：type
character of length 1. 'mean' or 'median'- which method should be used for the aggregation of the repicates
字符长度为1。 意思是或median哪种方法应使用聚集的repicates


参数：sampleInformation
if specified it must be an object of class phenoData with a column named 'Sample'.
如果指定的话，它必须是一个类phenoData列名为样品的对象。


参数：toZero
boolean - if there is only one replication should the error be treated as zero ? (only if 'type' is mean)
Boolean  - 如果仅是一个复制的错误应该被视为零？ （只有当“类型”的意思）


参数：efficiencies
n.V.
N.V.


参数：efficiencies.error
n.V.
N.V.


值----------Value----------

A an object of class ddCtExpression.
一类ddCtExpression对象。


用法----------usage----------

ddCtExpression(object, warningStream = "warning.output.txt", algorithm="ddCt" calibrationSample, housekeepingGenes, type="mean", sampleInformation=NULL, toZero=TRUE, efficiencies = NULL, efficiencies.error = NULL)
ddCtExpression（对象，warningStream =“warning.output.txt”，算法= DDCT“calibrationSample的，housekeepingGenes，类型=”是什么意思“，sampleInformation = NULL，toZero = TRUE，效率= NULL efficiencies.error =空）


方法----------Methods----------




object = "InputFrame"  An object of InputFrame, constructed with the method InputFrame
对象=“InputFrame”InputFrame的对象，构建与方法InputFrame


作者（S）----------Author(s)----------


Rudolf Biczok <a href="mailto:mailto:r.biczok@dkfz.de">mailto:r.biczok@dkfz.de</a>



参考文献----------References----------

PCR and the 2(-Delta -Delta C(T)) Method. KJ Livak and TD Schmittgen, Methods, Vol. 25, No. 4. (December 2001), pp. 402-408

参见----------See Also----------

InputFrame: reader for SDM files ddCtExpression:  representation for ddCt calculated expressions
InputFrame：SDM文件阅读器ddCtExpression：表示DDCT计算表达式


举例----------Examples----------


## read a SDM file[＃读SDM文件]
sampdat <- SDMFrame(system.file("extdata", "Experiment1.txt", package="ddCt"))

## call ddCtExpression method from class SDMFrame[＃调用ddCtExpression的方法从类SDMFrame]
## to get a ddCt calculated expression[＃获得DDCT计算表达式]
result <- ddCtExpression(sampdat,
                         calibrationSample="Sample1",
                         housekeepingGenes=c("Gene1","Gene2"))
result

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