expressionPlot(cummeRbund)
expressionPlot()所属R语言包：cummeRbund
Expression Plot
表达图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A line plot (optionally with confidence intervals) detailing FPKM expression levels across conditions for a given gene(s) or feature(s)
A线图（可选置信区间），详述不同条件FPKM表达水平，对于一个给定的基因（S）或功能（S）
用法----------Usage----------
## S4 method for signature 'CuffFeature'
expressionPlot(object, logMode=FALSE, pseudocount=1.0, drawSummary=FALSE, sumFun=mean_cl_boot, showErrorbars=TRUE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
An object of class ('CuffFeature' or 'CuffGene')
一个类的对象（“CuffFeature或CuffGene）
参数：logMode
A logical value to draw y-axis (FPKM) on log-10 scale. Default = FALSE.
一个逻辑值，绘制Y轴（FPKM）log10分。默认= FALSE。
参数：pseudocount
A numeric value added to FPKM to avoid errors on log-10 transformation.
一个数字值添加到FPKM的log-10改造，以避免错误。
参数：drawSummary
A logical valuie. Draws a 'summary' line with mean FPKM values for each condition.
逻辑valuie。绘制的“摘要”为每个条件的平均FPKM值线。
参数：sumFun
Function used to determine values for summary line. Default = mean_cl_boot
功能用于确定汇总行的值。默认= mean_cl_boot
参数：showErrorbars
A logical value whether or not to draw error bars.
一个逻辑值是否得出错误的条形。
参数：...
Additional arguments
额外的参数
Details
详情----------Details----------
None
没有
值----------Value----------
A ggplot2 plot object
ggplot2图对象
注意----------Note----------
None
没有
作者（S）----------Author(s)----------
Loyal A. Goff
参考文献----------References----------
举例----------Examples----------
data(sampleData)
PINK1 # sample CuffFeature object[样本CuffFeature对象]
expressionPlot(PINK1) #Line plot of PINK1 FPKM values[PINK1基因FPKM值线图]
expressionPlot(PINK1@isoforms) #Line plot of PINK1 FPKM values faceted by isoforms[由亚型PINK1基因FPKM值的面线图]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 16:10:25
