R语言 cummeRbund包 csScatter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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csScatter(cummeRbund)
csScatter()所属R语言包：cummeRbund

                                         Scatter Plot
                                         散点图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A scatter plot comparing the FPKM  values from two samples in a cuffdiff run.
两个在cuffdiff运行样本FPKM值的散点图比较。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'CuffData'
csScatter(object, x, y, logMode=TRUE, pseudocount=1.0, labels, smooth=FALSE, colorByStatus = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class ('CuffData','CuffFeatureSet')  
一个类对象（CuffData，CuffFeatureSet的）


参数：x
Sample name for x axis  
样品名称为X轴


参数：y
Sample name for y axis  
样品名称为Y轴


参数：logMode
Logical argument to log2-transform data (default: T )  
逻辑参数（log2变换数据默认是：T）


参数：pseudocount
Value to add to zero FPKM values for log transformation (default: 0.0001)  
值添加到零log转型FPKM的值（默认值：0.0001）


参数：smooth
Logical argument to add a smooth-fit regression line  
添加一个合适的顺利回归线的逻辑论证


参数：labels
A list of tracking_ids or gene_short_names that will be 'callout' points in the plot for reference. Useful for finding genes of interest in the field. Not implemented yet.  
将“标注”，以供参考图的tracking_ids或gene_short_names名单。在该领域寻找感兴趣的基因非常有用。尚未实现。


参数：colorByStatus
A logical argument whether or not to color the points by 'significant' Y or N. [Default = FALSE]  
逻辑的论据与否，颜色由“重大”Y或N点[默认值= FALSE]


参数：...
Additional arguments to csScatter  
对csScatter额外的参数


Details

详情----------Details----------

None
没有


值----------Value----------

ggplot object with geom_point and geom_rug layers
ggplot对象与geom_point和geom_rug层


注意----------Note----------

None
没有


作者（S）----------Author(s)----------



Loyal A. Goff




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


        a<-readCufflinks(system.file("extdata", package="cummeRbund")) #Create CuffSet object from sample data[从样本数据中创建对象CuffSet]
        genes<-a@genes #Create CuffData object for all genes[创建CuffData对象为所有基因]
        s<-csScatter(genes,'hESC','Fibroblasts',smooth=TRUE) #Create plot object[创建图对象]
        s #render plot object[呈现图对象]

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