R语言 CSAR包 loadMappedReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

loadMappedReads(CSAR)
loadMappedReads()所属R语言包：CSAR

                                         Load mapped reads
                                         负载映射读取

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function load the output file of a read mapping software (eg:SOAP)
这个函数加载只读绘图软件输出文件（例如，SOAP）


用法----------Usage----------


loadMappedReads(file, format = "SOAP", header = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：file
File name to load  
加载的文件名


参数：format
Format of the file. "SOAP" for the output of the soap software and "MAQ" for the maq software. Other user formats can be provided as a character vector for the file column names. Columns named: "Nhits", "lengthRead", "strand", "chr", and "pos"  are needed.     
格式的文件。 “SOAP的”的肥皂软件和“MAQ”MAQ软件的输出。其他用户的格式，可以提供作为file列名的特征向量。列命名为：“Nhits”，“lengthRead”，“链”，“CHR”，“POS”需要。


参数：header
Logical value indicating if the first line of the file should be skipped (TRUE) or not (FALSE)  
逻辑值，如果该文件的第一行应该被忽略（TRUE）或否（false）


值----------Value----------

data.frame structure that can be used by mappedReads2Nhits
数据框结构，可以通过mappedReads2Nhits使用


作者（S）----------Author(s)----------


Jose M Muino, <a href="mailto:jose.muino@wur.nl">jose.muino@wur.nl</a>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


##We load the mapped reads:[＃加载映射读取：]
#sample&lt;-loadMappedReads(file=file,format="SOAP",w=300,header=F)[样品<-loadMappedReads =文件格式（文件=“SOAP”的，W = 300，头=）]
##where file is the name and path of the output file of the mapping process.[＃文件是映射过程的输出文件的名称和路径。]


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注：
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