R语言 crlmm包 preprocessInf()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preprocessInf(crlmm)
preprocessInf()所属R语言包：crlmm

                                         Preprocessing of Illumina Infinium II arrays.
                                         Illumina的的Infinium第二阵列的预处理。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function normalizes the intensities for the 'A' and 'B' alleles for a CNSet object and estimates mixture parameters used for subsequent genotyping.  See details for how the normalized intensities are written to file.  This step is required for subsequent genotyping and copy number estimation.
此函数规范化CNSet对象的A和B等位基因的强度，估计用于随后的基因分型的混合参数。参见归强度如何写入文件的详细信息。随后的基因分型和拷贝数估计这一步是必需的。


用法----------Usage----------


preprocessInf(cnSet, sampleSheet=NULL, arrayNames = NULL, ids = NULL, path = ".", arrayInfoColNames = list(barcode = "SentrixBarcode_A", position = "SentrixPosition_A"), highDensity = TRUE, sep = "_", fileExt = list(green = "Grn.idat", red = "Red.idat"), saveDate = TRUE, stripNorm = TRUE, useTarget = TRUE, mixtureSampleSize = 10^5, fitMixture = TRUE, eps = 0.1, verbose = TRUE, seed = 1)



参数----------Arguments----------

参数：cnSet
object of class CNSet  
对象类CNSet


参数：sampleSheet
data.frame containing Illumina sample sheet information (for required columns, refer to BeadStudio Genotyping guide - Appendix A).
data.frame含有Illumina的样品表信息（所需的列，请参阅BeadStudio基因分型指南 - 附录A）。


参数：arrayNames
character vector containing names of arrays to be read in.  If NULL, all arrays that can be found in the specified working directory will be read in.
包含数组的名字被读入。如果NULL，可以在指定的工作目录中找到的所有阵列将读入的字符向量


参数：ids
vector containing ids of probes to be read in.  If NULL all probes found on the first array are read in.
向量的探针被读入，如果NULL上发现的第一个数组的所有探针都读入的ID


参数：path
character string specifying the location of files to be read by the function
字符串功能读取指定文件的位置


参数：arrayInfoColNames
(used when sampleSheet is specified) list containing elements 'barcode' which indicates column names in the sampleSheet which contains the arrayNumber/barcode number and 'position' which indicates the strip number.  In older style sample sheets, this information is combined (usually in a column named 'SentrixPosition') and this should be specified as list(barcode=NULL, position="SentrixPosition")
（用时sampleSheet指定）包含元素的条码“表示sampleSheet其中包含的arrayNumber /条码号和”立场“表示条数列名的列表。在旧式的样品表，此信息相结合（通常在一列名为“SentrixPosition”），这应作为list(barcode=NULL, position="SentrixPosition")指定


参数：highDensity
logical (used when sampleSheet is specified). If TRUE, array extensions '\_A', '\_B' in sampleSheet are replaced with 'R01C01', 'R01C02' etc.
逻辑（当sampleSheet指定使用）。如果TRUE，阵列扩展\ _A，\ _B“在sampleSheet取代R01C01，R01C02”等。


参数：sep
character string specifying separator used in .idat file names.
字符串指定分隔符使用。IDAT文件名。


参数：fileExt
list containing elements 'Green' and 'Red' which specify the .idat file extension for the Cy3 and Cy5 channels.
列表，其中包含元素的绿色和红指定文件扩展名。IDAT Cy3和Cy5通道。


参数：saveDate
'logical'.  Should the dates from each .idat be saved with sample information?
“逻辑”。应该从每个。IDAT日期与样品信息被保存？


参数：stripNorm
'logical'.  Should the data be strip-level normalized?
“逻辑”。应的数据带，规范化水平？


参数：useTarget
'logical' (only used when stripNorm=TRUE). Should the reference HapMap intensities be used in strip-level normalization?
“逻辑”（只用时stripNorm=TRUE）。应参考HapMap的强度，可用于带钢水平标准化？


参数：mixtureSampleSize
Sample size to be use when fitting the mixture model.
样本大小必须使用混合模型拟合时。


参数：fitMixture
'logical.' Whether to fit per-array mixture model.  
“逻辑。”是否适合每个阵列的混合模型。


参数：eps
   Stop criteria.
停止条件。


参数：verbose
  'logical.'  Whether to print descriptive messages during processing.
“逻辑。”是否打印在加工过程中的描述信息。


参数：seed
Seed to be used when sampling. Useful for reproducibility
种子取样时要使用。有用的重复性


Details

详情----------Details----------

The normalized intensities are written to disk using package ff protocols for writing/reading to disk. Note that the object CNSet containing the ff objects in the assayData slot will be updated after applying this function.
归强度被写入磁盘，写入/读取到磁盘使用包ff协议。注意对象CNSetff对象后，将利用此功能更新assayData插槽。


值----------Value----------

A ff_matrix object containing parameters for fitting the mixture model.  Note that while the CNSet object is not returned by this function, the object will be updated as the normalized intensities are written to disk.  In particular, after applying this function the normalized intensities in the alleleA and alleleB elements of assayData are now available.
一个ff_matrix对象，其中包含装修混合模型的参数。请注意，虽然没有这个函数返回CNSet对象，该对象将被更新为归强度被写入磁盘。特别是，应用此函数归一化的强度，在后alleleA和alleleBassayData元素现在。


作者（S）----------Author(s)----------



R. Scharpf




参见----------See Also----------

CNSet-class, A, B, constructInf, genotypeInf
CNSet-class，A，B，constructInf，genotypeInf


举例----------Examples----------


        ## See the 'illumina_copynumber' vignette in inst/scripts of[＃见“illumina_copynumber”在本月的小插曲/脚本]
        ## the source package[＃源码包]

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