genotypeInf(crlmm)
genotypeInf()所属R语言包：crlmm
Genotyping of Illumina Infinium II arrays.
Illumina的Infinium II阵列基因分型。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Genotyping of Illumina Infinium II arrays. This function provides CRLMM genotypes and confidence scores for the the polymorphic markers and is a required step prior to copy number estimation.
Illumina的Infinium II阵列基因分型。此功能提供CRLMM的基因型和信心分数为多态性标记，是一个必要步骤之前拷贝数估计。
用法----------Usage----------
genotypeInf(cnSet, mixtureParams, probs = rep(1/3, 3), SNRMin = 5, recallMin = 10, recallRegMin = 1000, verbose = TRUE, returnParams = TRUE, badSNP = 0.7, gender = NULL, DF = 6)
参数----------Arguments----------
参数：cnSet
An object of class CNSet
一个对象的类CNSet
参数：mixtureParams
data.frame containing mixture model parameters needed for genotyping. The mixture model parameters are estimated from the preprocessInf function.
data.frame含有基因分型的混合模型所需的参数。 preprocessInf函数的混合模型的参数估计。
参数：probs
'numeric' vector with priors for AA, AB and BB.
“数字”的向量为AA，AB和BB的前科。
参数：SNRMin
'numeric' scalar defining the minimum SNR used to filter out samples.
“数字”标定义的最小SNR用筛选出的样本。
参数：recallMin
Minimum number of samples for recalibration.
校准样品的最低数量。
参数：recallRegMin
Minimum number of SNP's for regression.
最低数量的SNP的回归。
参数：verbose
'logical.' Whether to print descriptive messages during processing.
“逻辑。”是否打印在加工过程中的描述信息。
参数：returnParams
'logical'. Return recalibrated parameters from crlmm.
“逻辑”。返回从crlmm重新调整参数。
参数：badSNP
'numeric'. Threshold to flag as bad SNP (affects batchQC)
“数字”。阈值，不好的SNP标志（影响batchQC）
参数：gender
integer vector ( male = 1, female =2 ) or missing, with same length as filenames. If missing, the gender is predicted.
整数向量（男= 1女= 2）或失踪作为文件名的长度相同。如果丢失，性别进行了预测。
参数：DF
'integer' with number of degrees of freedom to use with t-distribution.
“整数”数度自由使用t分布。
Details
详情----------Details----------
The CRLMM genotype calls and confidence scores are written to file using ff protocols for I/O. For the most part, the calls and confidence scores can be accessed as though the data is in memory through the methods snpCall and snpCallProbability, respectively.
CRLMM基因型分型和信心分数写入文件使用ffI / O协议在大多数情况下，检测和信心分数，仿佛是在内存中的数据通过方法snpCall和snpCallProbability，分别可以访问。
The genotype calls are stored using an integer representation: 1 - AA, 2 - AB, 3 - BB. Similarly, the call probabilities are stored using an integer representation to reduce file size using the transformation 'round(-1000*log2(1-p))', where p is the probability. The function i2P can be used to convert the integers back to the scale of probabilities.
用整数表示：1 - 机管局，2 - AB公司，3 - BB的基因型调用存储。同样，呼叫概率存储使用整数表示，以减少文件大小，使用轮改造（-1000 *为log2（1-P）），其中p是概率。可以使用的功能i2P整数转换回规模的可能性。
值----------Value----------
Logical. If the genotyping is completed, the value 'TRUE' is returned. Note that assayData elements 'call' and 'callProbability' are updated on disk. Therefore, the genotypes and confidence scores can be retrieved using accessors for the CNSet class.
逻辑。如果基因分型完成后，将返回值“TRUE”。注意assayData元素呼叫和callProbability“磁盘上的更新。因此，基因型和信心分数可以检索使用CNSet类的存取。
作者（S）----------Author(s)----------
R. Scharpf
参见----------See Also----------
crlmm, snpCall, snpCallProbability
crlmm，snpCall，snpCallProbability
举例----------Examples----------
## See the 'illumina_copynumber' vignette in inst/scripts of[＃见“illumina_copynumber”在本月的小插曲/脚本]
## the source package[＃源码包]
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发表于 2012-2-25 16:03:30
