R语言 cqn包 cqn()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cqn(cqn)
cqn()所属R语言包：cqn

                                         CQN (conditional quantile normalization) for RNA-Seq data
                                         ，CQN（条件位数标准化）为RNA序列数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function implements CQN (conditional quantile normalization) for RNA-Seq data.
此功能实现：CQN RNA序列数据（有条件的位数标准化）。


用法----------Usage----------


cqn(counts, x, lengths, sizeFactors = NULL, subindex = NULL, tau = 0.5, sqn = TRUE, verbose = FALSE)
cqn.fixedlength(counts, x, lengths, sizeFactors = NULL, subindex = NULL, tau = 0.5, sqn = TRUE, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：counts
An object that can be coerced to a matrix of region by sample counts.  Ought to have integer values.  
一个可以强制区域matrix的样本计数的对象。应该有整数值。


参数：x
This is a covariate whose systematic influence on the counts will be removed.  Typically the GC content.  Has to have the same length as the number of rows of counts.  
这是一个协的计数系统的影响将被删除。通常，GC含量。必须具有相同长度计数的行数。


参数：lengths
The lengths (in bp) of the regions in counts.  Has to have the same length as the number of rows of counts.  
计数的区域的长度（BP）。必须具有相同长度计数的行数。


参数：sizeFactors
An optional vector of sizeFactors, ie. the sequencing effort of the various samples.  If NULL this is calculated as the column sums of counts.  
可选的sizeFactors的向量，即。各种样品的测序工作。如果NULL这是counts列金额计算。


参数：subindex
An optional vector of indices into the rows of counts.  If not given, this becomes the indices of genes with row means of counts greater then 50.  
可选的counts行指数的向量。如果没有给出，这将成为基因与行的指数意味着counts大于50。


参数：tau
This argument is passed to rq, it indicates what quantile is being fit.  The default should only be changed by expert users..  
这个参数传递给rq，它表示什么分量正在适应。默认情况下只应改变由专家用户..


参数：sqn
This argument indicates whether the residuals from the systematic fit are (subset) quantile normalized.  The default should only be changed by expert users.  
这种说法表明，无论是从系统的合适的残差归（子集）位数。默认情况下只应改变由专家用户。


参数：verbose
Is the function verbose?  
是函数的详细吗？


Details

详情----------Details----------

These functions implement the CQN (conditional quantile normalization) for RNA-Seq data.  The functions remove a single systematic effect, contained in the argument x, which will typicall be GC content.  The effect of lengths will either be modelled as a smooth function (which we recommend), if you are using cqn or as an offset (equivalent to modelling using RPKMs), if you are using cqn.fixedlength.
实现这些功能的RNA序列数据CQN（有条件的位数标准化）。功能删除一个单一系统的影响，包含在参数x典型地，这将是GC含量。如果您正在使用lengths或作为一个偏移量（相当于建模使用RPKMs），如果您正在使用的<X效果cqn将被建模为一个光滑函数（我们建议）， >

Final corrected values are equal to value$y + value$offset.
最终修正值是平等value$y + value$offset。


值----------Value----------

A list with the following components
一个list以下组件


参数：counts
The value of argument counts.
参数counts值。


参数：x
The value of argument x.
参数x值。


参数：lengths
The value of argument lengths.
参数lengths值。


参数：sizeFactors
The value of argument sizeFactors.  In case the argument was NULL, this is the value used internally.
参数sizeFactors值。参数的情况下NULL，这是内部使用的价值。


参数：subindex
The value of argument subindex.   In case the argument was NULL, this is the value used internally.
参数subindex值。参数的情况下NULL，这是内部使用的价值。


参数：y
The dependent value used in the systematic effect fit.  Equal to log2 tranformed reads per millions.
依赖的价值在系统的效果适合使用。等于log2 tranformed读取每百万。


参数：offset
The estimated offset.
估计的偏移量。


参数：offset0
A single number used internally for identifiability.
辨识内部使用一个单一的数字。


参数：func1
The estimated effect of function 1 (argument x).  This is a matrix of function values on a grid.  Columns are samples and rows are grid points.
功能：1估计的影响（参数x）。这是一个矩阵网格上的函数值。列样品和行格点。


参数：grid1
The grid points on which function 1 (argument x) was evaluated.
网格的功能：1（参数x）进行了评估点。


参数：knots1
The knots used for function 1 (argument x).
用于功能1海里（参数x）。


参数：func2
The estimated effect of function 2 (lengths).  This is a matrix of function values on a grid.  Columns are samples and rows are grid points.
估计影响功能2（长度）。这是一个矩阵网格上的函数值。列样品和行格点。


参数：grid2
The grid points on which function 2 (lengths) was evaluated.
格点功能2（长度）进行了评估。


参数：knots2
The knots used for function 2 (lengths).
用于功能2（长度）的疙瘩。


注意----------Note----------

Internally, the function uses a custom implementation of subset quantile normalization, contained in the (not exported) SQN2 function.
内部功能使用自定义实现一个子集位数标准化，载（不出口）SQN2的功能。


作者（S）----------Author(s)----------


Kasper Daniel Hansen, Zhijin Wu



参考文献----------References----------

variability in RNA-seq data using conditional quantile normalization, Johns Hopkins, Dept of Biostatistics Working Papers. Working Paper

参见----------See Also----------

The package vignette.
包小插曲。


举例----------Examples----------


data(montgomery.subset)
data(sizeFactors.subset)
data(uCovar)
cqn.subset <- cqn(montgomery.subset, lengths = uCovar$length,
                  x = uCovar$gccontent, sizeFactors = sizeFactors.subset,
                  verbose = TRUE)

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