怎么用R做PCA分析？

pengwf226 · 发表于 2015-5-27 22:38:11

想知道用什么R包能够做SNP数据的PCA 分析？

showmonki · 发表于 2015-6-1 01:36:07

http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/06/17/PCA-in-R.html
网址里提供了五个function去做PCA。后面括号里的是前面function对应的package。
prcomp() (stats)
princomp() (stats)
PCA() (FactoMineR)
dudi.pca() (ade4)
acp() (amap。

showmonki · 发表于 2015-6-1 01:45:21

SNPRELATE
具体可参考这个网址信息http://corearray.sourceforge.net/tutorials/SNPRelate/

whzxsg · 发表于 2015-6-10 02:11:41

我这几天也在弄，psych包可以做主成分，但我发觉其做出来来的结果和平时所用的smartpca结果差异很大。。。。

whzxsg · 发表于 2015-6-10 02:11:45

我这几天也在弄，psych包可以做主成分，但我发觉其做出来来的结果和平时所用的smartpca结果差异很大。。。。

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