我是新人,最近在做基于基因芯片分析2型糖尿病的课题。这里是我用limma包选取差异表达基因的代码,想请问各位做完这里之后怎么从过滤后的差异表达基因中得到上调基因和下调基因呢?求解答!急!!
>eset<-rma(data.raw)
>summary(exprs(eset))
>data.mas5calls<-mas5calls(data.raw)
>eset.mas5calls<-exprs(data.mas5calls)
>head(eset.mas5calls)
>AP<-apply(eset.mas5calls,1,function(x)any=(x=="p"))
>present.probes<-names(AP[AP])
>paste(length(present.probes),"/",length(AP))
>rm(data.mas5calls)
>rm(eset.mas5calls)
>library(limma)
>design<-model.matrix(~-1+factor(c(1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,2)))
>colnames(design)<-c("control","diabetic")
>design
>contrast.matrix<-makeContrasts(control-diabetic,levels-design)
>contrast.matrix
>fit<-limFit(eset[present.probes,],design)
>fit2<-contrasts.fit(fit,contrast.matrix)
>fit2<-eBayes(fit2)
>nrow(topTable(fit2,coef=1,adjust.method="fdr",lfc=1,p.value=0.05,number=30000))
>results.lim<-topTable(fit2,coef=1,adjust.method="fdr",lfc=1,p.value=0.05,number=30000)
>results.lim<-results.lim[results.lim[,"P.Value"]<0.01,]
>results.lim<-results.lim[results.lim[,"AveExprs"]>8,]
>write.csv(results.lim,"results.lim.csv")
这里得到了392个差异表达基因,后面怎么才能得到上调基因和下调基因呢,求各位给指导一下,急求!!感谢!! |