R语言 cosmo包 addCon()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

addCon(cosmo)
addCon()所属R语言包：cosmo

                                        Add constraints to an already existing constraint set
                                         将约束添加到现有的约束集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a constraint set, the addCon command allows to add either interval-specific or global constraints to the constraintSet object. The possible interval-specific constraints are: boundCon (for information content bounding constraints), posFreqCon (for position frequency constraints), and shapeCon (for shape constraints). The possible global constraints are: subMotifCon (when part of the motif is known), palCon (for palindromic constraints) and shapeDiffCon (for information content differences between interval extremities). Each constraint can be built with its associated make-command: makeBoundCon, makePosFreqCon, makeShapeCon, makeSubMotifCon, makePalCon and makeShapeDiffCon.
给定的约束集中，addCon命令允许添加任何特定的时间间隔或全球的constraintSet对象的制约因素。可能间隔具体限制是：boundCon（信息内容的边界约束），posFreqCon（位置频率约束），shapeCon（形状的限制）。可能的全局约束是：subMotifCon（被称为主题的一部分时），palCon（回文约束）和shapeDiffCon（信息内容的差异之间的间隔四肢）。每个约束可以建立及其相关命令：makeBoundCon，makePosFreqCon，makeShapeCon，makeSubMotifCon，makePalCon和makeShapeDiffCon。


用法----------Usage----------


  addCon(conSet, constraint, int=1)



参数----------Arguments----------

参数：conSet
an object of class "constraint set"
一个对象类"constraint set"


参数：constraint
list of constraints constructed with one of the 6 make constraint commands. The length of the list should be the same as that of the 'int' argument. Instead of a list, this may also be a single constraint.
6构造约束的列表命令约束。列表的长度应为诠释的说法相同。 ，而不是一个名单，这也可能是一个单一的约束。


参数：int
vector of the intervals to which the constraints given in the constraint argument should be applied. There should be a one-to-one correspondance between the elements of the list and the interval argument. For global constraints, the value of the interval is of no importance but should be present and numeric.
矢量的时间间隔应适用于在约束参数给定的约束。应该有一到列表中的元素和区间参数之间的对应关系。对于全球性的限制，间隔的值并不重要，但应该是当前和数字。


值----------Value----------

The output will be an object of class "constraintSet" resulting of the addition of the constraints to the original constraint set passed as first argument.
"constraintSet"的约束除了原来的约束结果集作为第一个参数传递，输出将是一个类的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Fabian Gallusser, <a href="mailto:fgallusser@berkeley.edu">fgallusser@berkeley.edu</a>




参见----------See Also----------

boundCon, posFreqCon, shapeCon, subMotifCon, shapeDiffCon, palCon makeBoundCon, makePosFreqCon, makeShapeCon, makeSubMotifCon, makeShapeDiffCon, makePalCon
boundCon，posFreqCon，shapeCon，subMotifCon，shapeDiffCon，palConmakeBoundCon，makePosFreqCon，<X >，makeShapeCon，makeSubMotifCon，makeShapeDiffCon


举例----------Examples----------


set=makeConSet(4,c("B","P","V","B"),c(4,50,NA,4))
con1=makeBoundCon(1,2)
con2=makePalCon(1,4,0.5)
con3=makeSubMotifCon("TATA",0.6)
con4=makePosFreqCon("2","A",0.5)
con5=makePosFreqCon("All","G",0.4)
conSet=addCon(set,list(con1,con2,con3,con4,con5),c(2,NA,NA,1,3))
#Because of the palindromic constraint on intervals 1 and 4, the fourth[由于间隔1和4的的回文约束，第四]
#interval will inherit the nucleotide position frequency constraint[间隔将继承核苷酸位置频率约束]
#assigned to the first interval.[分配给第一个时间间隔。]

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