R语言 CORREP包 permutest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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permutest(CORREP)
permutest()所属R语言包：CORREP

                                        Permutation Test P-value for Multivaraite Correlation
                                         置换测试P值Multivaraite相关的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates p-values of the multivariate correlation estimator by enumerating all permutations. We recommend using Likehood Ratio Test implemented in function cor.LRtest if your data has moderate to large sample size (>5) The procedure is same as those permutation tests for Pearson correlation coefficient or other parameters. Since the approximation of null distribution requires enumerating all permutations. The computational burden increases in $n^2$.   
此函数计算所列举的所有排列的多元相关估计的p值。我们建议使用似然比测试功能cor.LRtest实施，如果你的数据有中度大样本（> 5）置换Pearson相关系数或其他参数的测试程序是相同的。由于空分布的近似要求列举的所有排列。计算负担，增加在$ N ^ 2美元。


用法----------Usage----------


permutest(x, y=NULL, m, G)



参数----------Arguments----------

参数：x
data matrix, column represents samples (conditions), and row represents variables (genes), see example below for format information
数据矩阵，列代表样本（条件），行代表变量（基因），见下面的例子的格式信息


参数：y
optional, used when x and y are vectors
可选的，用来当x和y是向量


参数：m
number of replicates
的复样本数


参数：G
number of genes
基因数目


Details

详情----------Details----------

See manuscript.
看到手稿。


值----------Value----------


参数：PV
P-values of permutation tests
P值排列测试


作者（S）----------Author(s)----------


Dongxiao Zhu and Youjuan Li



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

cor.LRtest, cor.LRtest.std, cor.test
cor.LRtest，cor.LRtest.std，cor.test


举例----------Examples----------


library("CORREP")
library("e1071")
d0 <- NULL
## sample size is set to 5, it takes about a min to finish [＃样本大小设置为5，大约需要一分钟完成]
for(l in 1:5)
d0 <- rbind(d0, rnorm(100))
## data must have row variance of 1 [＃数据必须具有行方差的1]
d0.std <- apply(d0, 2, function(x) x/sd(x))
M <- cor.balance(t(d0.std), m = 4, G= 25)
M.pv <- permutest(t(d0.std), m = 4, G= 25)

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