scatterPlotCopa(copa)
scatterPlotCopa()所属R语言包：copa
Create scatterplots of interesting gene pairs
有趣的基因对创建散点图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function allows one to create scatterplots of gene pairs that may be involved in recurrent gene fusion in cancer.
此功能允许一个建立在癌症复发的基因融合可能涉及的基因对散点图。
用法----------Usage----------
scatterPlotCopa(copa, idx, lib = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：copa
An object of class 'copa', resulting from a call to the copa function
类杯的对象，从通话copa功能
参数：idx
A numeric vector listing the gene pairs to plot (e.g., idx = 1:3 will plot the first three gene pairs).
一个数值向量上市的基因对图（例如，IDX = 1:3将绘制前三基因对）。
参数：lib
If the underlying data are Affymetrix expression values, one can specify an annotation package and the plot labels will be extracted from the xxxSYMBOL environment. If NULL, the row.names of the gene expression matrix will be used.
如果基础数据Affymetrix的表达值，可以指定一个注解包，图标签将提取的xxxSYMBOL环境。如果NULL，row.names基因表达矩阵将被使用。
Details
详情----------Details----------
Note that this function will output all the gene pairs in the idx vector without pausing. This can be controlled by either setting par(ask = TRUE), or by redirecting the output to a file (using e.g., pdf, ps, etc.).
请注意，此功能将不停顿地输出所有的在IDX向量的基因对。这可以通过设置面值控制（问= TRUE），或通过输出重定向到一个文件（使用，例如，pdf，ps等）。
值----------Value----------
This function is called solely for outputting plots. No values are returned.
此功能只被称为输出图。没有返回值。
作者（S）----------Author(s)----------
James W. MacDonald
参考文献----------References----------
factor genes in prostate cancer.
举例----------Examples----------
if(interactive()){
library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)
cl <- abs(3 - as.numeric(pData(sample.ExpressionSet)[,2]))
tmp <- copa(sample.ExpressionSet, cl)
scatterPlotCopa(tmp, 1)
}
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发表于 2012-2-25 15:49:00
